Taxonomie (biologie)

taxonomie toegepast op biologie
(Doorverwezen vanaf Plantentaxonomie)

Taxonomie is de biologische vakwetenschap die zich bezighoudt met het vinden, onderscheiden en beschrijven, benoemen en indelen van alle soorten organismen. Tegenwoordig gebeurt de indeling van de soorten op basis van evolutionaire verwantschap, waarbij gebruik gemaakt wordt van de cladistiek.

De taxonomie en de systematiek worden binnen de biologische wetenschap bijna als synoniemen van elkaar beschouwd.

Wetenschapsgeschiedenis van de taxonomieBewerken

De classificatie van organismen is al heel oud; de eerste die hiertoe een schriftelijke poging deed was Aristoteles.

Linnaeus heeft in de 18e eeuw baanbrekend taxonomisch werk verricht. Zijn systematische indelingen waren vooral gebaseerd op onderzoek naar de macroscopische bouw, of morfologie en anatomie van planten en dieren.

Met behulp van de microscoop, een uitvinding uit de 17e eeuw, werd onderzoek verricht naar de inwendige, microscopische structuur van organismen. Zo ontstonden de biologische vakgebieden van de cytologie (celbiologie) en histologie (weefselleer).

De term taxonomie werd in 1813 geïntroduceerd door Augustin Pyramus de Candolle in zijn Théorie élémentaire de la botanique.[1][2]

HiërarchieBewerken


De hiërarchie van de acht belangrijkste taxonomische rangen. Tussenliggende rangen zijn niet afgebeeld.

Taxa kunnen hiërarchisch ingedeeld worden in een taxonomische boom, in bijvoorbeeld de volgende twaalf rangen:

Nederlands Latijn Engels Duits Frans Frysk
Domein Superregnum
Imperium
Domain Domäne Domaine Domein primair
Supergroep - Supergroup Supergroep (voorlopig)[3][4]
Rijk Regnum Kingdom Reich Règne Ryk primair
Afdeling
Stam, Fylum
Divisio
Phylum
Division
Phylum
Abteilung
Stamm
Embranchement
Division, Phylum
Ofdieling

Stam, Fylum

primair
Klasse Classis Class Klasse Classe Klasse primair
Orde Ordo Order Ordnung Ordre Oarder primair
Familie Familia Family Familie Famille Famylje primair
Tak Tribus Tribe Tribus Tribu Tûke secundair
Geslacht Genus Genus Gattung Genre Geslacht primair
Sectie Sectio Section Sektion Section Seksje secundair
Reeks Series Series Searje secundair
Soort Species Species Art Espèce Soart primair
Ondersoort Subspecies Subspecies Unterart Sous-espèce Undersoart secundair
Variëteit Varietas Variety Variété
Race
Fariaasje secundair
Vorm Forma Form Forme
Type
Foarm secundair

De primaire rangen zijn het belangrijkst. Bij een formele classificatie zullen deze altijd vermeld worden. De basiseenheid voor identificatie is de soort. Verwante soorten worden gegroepeerd in geslachten en deze weer in families.

Er zijn meer rangen mogelijk, zie rang (plantkunde) en rang (zoölogie). Zie ook: binomiale nomenclatuur

UitgangenBewerken

Taxa boven het niveau van geslacht krijgen vaak een naam gebaseerd op de naam van een geslacht. Deze namen hebben een standaarduitgang, afhankelijk van de code die van toepassing is.[5]

Rang Planten Algen Schimmels Dieren
Stam / Divisie / Fylum -phyta -mycota
Onderstam / Subfylum -phytina -mycotina
Klasse -opsida -phyceae -mycetes
Onderklasse -idae -phycidae -mycetidae
Orde -ales
Superfamilie -oidea
Familie -aceae -idae
Onderfamilie -oideae -inae
Supertribus -itae
Tribus -eae -ini
Subtribus -inae -ina

Taxonomie en evolutieBewerken

Bij het classificeren van planten en dieren werd aanvankelijk vooral gekeken in hoeverre bepaalde soorten uiterlijk op elkaar lijken. Er werd naar die kenmerken gekeken, die men het belangrijkst vond, zoals de kenmerken van de voortplantingsorganen bij planten, of skeletkenmerken bij dieren.

De bedoeling was om zo een overzichtelijke catalogus van het leven te kunnen maken, zoals onder anderen Linnaeus deed. Hij beschouwde soorten als vast en onveranderlijk en in die zin ook niet meer of minder met elkaar verwant. Zijn indeling van het plantenrijk op basis van de aantallen meeldraden en stempels in een bloem is een voorbeeld van een taxonomie waarin een plantensoort snel en eenvoudig een plaats in het systeem krijgt. Bij dit type taxonomie is in wezen elke classificatie even goed, als ze maar makkelijk toepasbaar is.

In de 19e eeuw kwam ook de paleontologie op: het bestuderen van fossielen, hun ouderdom, hun bouw (de morfologie en anatomie) en hun verspreidingsgebied. Dit leverde tal van inzichten op over veranderingen van taxa in de tijd en daarmee over hun afkomst en verwantschappen. Een van de uitvloeisels hiervan was de evolutietheorie. Tegenwoordig wordt er in de biologische taxonomie naar gestreefd om een indeling van het leven te maken die de evolutionaire verwantschappen zo goed mogelijk weerspiegelt. Bij deze taxonomie is er uiteindelijk maar één stamboom die de juiste is, wat niet wil zeggen dat er dan geen discussie meer is over het toekennen van een rang aan de takken van de boom en het geven van namen daaraan.

Ontwikkelingen in de biologische taxonomieBewerken

Erfelijke eigenschappenBewerken

In de laatste decennia van het tweede millennium werd voor levende organismen een nieuwe bron van informatie gebruikt, namelijk de vergelijking van sequenties van aminozuren in eiwitten of van nucleotiden in DNA of RNA (onderdeel van moleculaire data).

Het indelen op grond van erfelijke eigenschappen moet niet verward worden met genetica, het bestuderen van deze erfelijke eigenschappen.

CladistiekBewerken

  Zie Cladistiek voor het hoofdartikel over dit onderwerp.
 
Cladistische taxonomie
Reptielen vormen een parafyletische groep. De groep kan monofyletisch gemaakt worden door er de vogels (Aves) in op te nemen

Een andere ontwikkeling is die van de cladistiek. De opbouw van dit systeem geschiedt vanuit monofyletische taxa (meervoud van taxon). Dat wil zeggen dat:

  1. de groep van één voorouder afstamt,
  2. alle afstammelingen van die voorouder ook tot die groep behoren.

Een taxon dat niet aan de eerste eis voldoet is polyfyletisch en een taxon dat wel aan de eerste maar niet aan de tweede eis voldoet is parafyletisch. Zowel polyfyletische als parafyletische taxa worden door cladisten als ongewenst beschouwd.

Verouderde inzichtenBewerken

Sommige taxa zijn zo ingeburgerd, dat zij om die reden niet zijn afgeschaft. Een goed voorbeeld is de klasse Reptilia. Reptiel is een volledig ingeburgerd begrip en is deel van het dagelijks spraakgebruik geworden. Voor de pure cladisten is echter de klasse Reptilia onaanvaardbaar, omdat de vogels bijvoorbeeld erin ontbreken, terwijl ook zij afstammen van de laatste voorouder die de huidige slangen, hagedissen, brughagedissen, krokodillen en schildpadden gemeen hebben. Reptilia is dus een parafyletisch taxon.

Uit DNA-onderzoek van de zoogdieren is gebleken dat een ingeburgerd taxon als de orde Insectivora in werkelijkheid polyfyletisch is. De tenreks en goudmollen, twee families die uitsluitend in Afrika en Madagaskar voorkomen, bleken eerder aan de olifanten, zeekoeien, aardvarkens en klipdassen dan aan de egels en spitsmuizen verwant. Ook bleken de walvissen meer aan de nijlpaarden dan aan de uitgestorven Mesonychidae verwant, in weerwil van de stellige zekerheid waarmee paleontologen zich ook over die laatste verwantschap hadden uitgesproken.

PlantentaxonomieBewerken

  Zie Angiosperm Phylogeny Group voor het hoofdartikel over dit onderwerp.

In de taxonomie van de bedektzadigen heeft de Angiosperm Phylogeny Group (APG) sinds 1998 voor flinke veranderingen gezorgd. De indeling van de hogere groepen was tot voor kort vooral gebaseerd op morfologische en biochemische kenmerken, waarbij het aan de botanici was om te bepalen welke van die kenmerken van doorslaggevend belang waren. Welke kenmerken primair van belang zijn voor de systematische positie van een groep werd subjectief bepaald. Kenmerken die te maken hadden met de voortplanting werden voor belangrijk gehouden, zoals bij bloemplanten de aantallen meeldraden en vruchtbladen.

De APG heeft gestreefd naar brede consensus over een indeling die gebaseerd is op overeenkomsten in het DNA, waarbij de verwantschappen op grond van kansrekening worden vastgesteld. De benadering van de APG betekent op twee fronten een breuk met het verleden. In de eerste plaats wordt de voorgestelde indeling door een grote groep botanici gemaakt en niet, zoals voorheen, door één of twee auteurs. In de tweede plaats komt de indeling grotendeels door berekeningen tot stand en niet door de subjectieve bepaling welke kenmerken primair van belang zijn voor de systematische positie van een groep. De APG heeft inmiddels het vierde verslag van haar werk gepubliceerd als het APG IV-systeem (2016).

Zie ookBewerken

Externe linksBewerken

Biochemie & fysiologie:Bioanorganische chemie · Biofysica · Celfysiologie · Elektrofysiologie · Endocrinologie · Glycobiologie · Immunologie · Immuunhistochemie · Klinische biologie · Moleculaire biologie · Neurobiologie · Neurofysiologie · Ontwikkelingsfysiologie · Plantenfysiologie · Radiobiologie · Spierfysiologie · Toxicologie
Genetica:Cytogenetica · Epigenetica · Farmacogenetica · Gedragsgenetica · Genomica · Paleogenetica · Populatiegenetica · Synthetische biologie · Toxicogenomica
Morfologie & anatomie:Celbiologie · Embryologie · Histologie · Morfologie · Ontwikkelingsbiologie · Plantenanatomie · Plantenmorfologie · Zoötomie
Ecologie & gedrag:Aerobiologie · Astrobiologie · Epidemiologie · Ethologie · Fenologie · Hydrobiologie · Histologie · Limnologie · Mariene biologie · Montane ecologie · Parasitologie · Populatiebiologie · Syntaxonomie · Vegetatiekunde
Biogeografie:Biogeologie · Eilandbiogeografie · Floristiek
Systematiek & evolutietheorie:Bio-informatica · Chemotaxonomie · Cladistiek · Fylogenie · Paleontologie · Synthetische biologie · Systeembiologie · Taxonomie
Bijzondere biologie:Bryologie · Entomologie · Fycologie · Herpetologie · Ichtyologie · Lichenologie · Malacologie · Mammalogie · Microbiologie · Mycologie · Ornithologie · Plantkunde · Pteridologie · Virologie · Zoölogie
Mens & milieu:Biologische antropologie · Biologische psychologie · Biomedische wetenschappen · Biotechnologie · Epidemiologie · Medische biologie · Menselijke biologie · Milieubiologie · Psychobiologie
Plantkunde en deelgebieden
Bijzondere plantkunde:algologie · bryologie · dendrologie · fycologie · lichenologie · mycologie · pteridologie
Paleobotanie:archeobotanie · dendrochronologie · fossiele planten · gyttja · palynologie · pollenzone · varens · veen
Plantenmorfologie & -anatomie:beschrijvende plantkunde · adventief · apoplast · blad · bladgroenkorrel · bladstand · bloeiwijze · bloem · bloemkroon · boomkruin · celwand · chloroplast · collenchym · cortex · cuticula · eicel · epidermis · felleem · fellogeen · felloderm · fenologie · floëem · fytografie · gameet · gametofyt · groeivorm · haar · houtvat · huidmondje · hypodermis · intercellulair · intercellulaire ruimte · kelk · kroonblad · kurk · kurkcambium · kurkschors · levensduur · levensvorm · merg · meristeem · middenlamel · palissadeparenchym · parenchym · periderm · plantaardige cel · plastide · schors · sclereïde · sclerenchym · spermatozoïde · sponsparenchym · sporofyt · stam · steencel · stengel · stippel · symplast · tak · thallus · topmeristeem · trachee · tracheïde · tylose · vaatbundel · vacuole · vrucht · wortel · xyleem · zaad · zaadcel · zeefvat · zygote
Plantenfysiologie:ademhaling · bladzuigkracht · evapotranspiratie · fotoperiodiciteit · fotosynthese · fototropie · fytochemie · gaswisseling · geotropie · heliotropisme · nastie · plantenfysiologie · plantenhormoon · rubisco · stikstoffixatie · stratificatie · transpiratie · turgordruk · vernalisatie · winterhard · worteldruk
Plantengeografie:adventief · areaal · beschermingsstatus · bioom · endemisme · exoot · flora · floradistrict · floristiek · hoogtezonering · invasieve soort · Plantengeografie · status · stinsenplant · uitsterven · verspreidingsgebied
Plantensystematiek:taxonomie · botanische nomenclatuur · APG I-systeem · APG II-systeem · APG III-systeem · APG IV-systeem · algen · botanische naam · cladistiek · Cormophyta · cryptogamen · classificatie · embryophyta · endosymbiontentheorie · endosymbiose · evolutie · fanerogamen · fylogenie · generatiewisseling · groenwieren · hauwmossen · kernfasewisseling · korstmossen · kranswieren · landplanten · levenscyclus · levermossen · mossen · roodalgen · varens · zaadplanten · zeewier
Vegetatiekunde & plantenoecologie:abundantie · associatie · bedekking · biodiversiteit · biotoop · boomlaag · bos · Braun-Blanquet (methode) · broekbos · climaxvegetatie · clusteranalyse · concurrentie · constante soort · differentiërende soort · ecologische gradiënt · ecologische groep · Ellenberggetal · gemeenschapsgradiënt · grasland · heide · kensoort · kruidlaag · kwelder · minimumareaal · moeras · moslaag · ordinatie · pioniersoort · plantengemeenschap · potentieel natuurlijke vegetatie · presentie · regenwoud · relevé · ruigte · savanne · schor · steppe · struiklaag · struweel · successie · syntaxon · syntaxonomie · Tansley (methode) · toendra · tropisch regenwoud · trouw · veen · vegetatie · vegetatielaag · vegetatieopname · vegetatiestructuur · vegetatietype · vergrassing · verlanding