Hoewel er al eerder voetbalclubs in Genemuiden bestonden, wordt 22 oktober 1930 als officiële oprichtingsdatum voor SC Genemuiden genomen. De club was jarenlang een stabiele subtopper in de Zaterdag Hoofdklasse C van de KNVB en komt met ingang van het seizoen 2010/11 uit in de nieuw gevormde Topklasse. De club won meerdere titels 1947-1962 (10x) en van 1989-2014 (3x), districtsbekers (5x) en algehele (zaterdag)amateurbekers (2x) op het hoogste amateurniveau, waaronder het kampioenschap in de Zaterdag Hoofdklasse C in het seizoen 2013/14 en de winsten in de Noordelijke districtsbeker in de seizoenen 2011/12 en 2004/05. Verder werd in het laatstgenoemde seizoen 2004/05 ook nog de KNVB beker voor amateurs gewonnen na een finale tegen Excelsior Maassluis.
Op de ranglijst vanaf 1970 tot de invoering van de Topklasse Zaterdag, eindigde SC Genemuiden op de 10e plaats.[2] In het laatste klassement dat uitgebracht werd vanaf 2010 neemt SC Genemuiden de 12e plaats in. Deze lijst werd decennialang aangevoerd door de Quick Boys uit Katwijk, maar sinds 2012 door V.V. IJsselmeervogels uit Spakenburg.
Ondanks meerdere afdelingstitels, lukte het sc Genemuiden nooit een titel Landskampioen Zaterdagamateurs te veroveren en van daaruit te spelen voor het Algeheel Amateurkampioenschap van Nederland. Sportclub Genemuiden is de eerste club in de geschiedenis van de Topklasse die direct na degradatie weer promoveerde naar het hoogste amateurniveau.
Door de promotie van SC Genemuiden naar de Topklasse speelde de club ook vanaf het seizoen 2010/11 op het hoogste amateurvoetbalniveau in Nederland. Zodoende speelde de vereniging al sinds 1982 onafgebroken op het hoogste niveau, terwijl de club al 42 jaar (sinds 1971) niet meer gedegradeerd was. De Topklasse werd bereikt, na een 5e plek in de eindstand van de Hoofdklasse C in het seizoen 2009/10. Deze notering gaf recht op de play-offs voor de Topklasse, die gewonnen werden na een dubbele confrontatie met ARC uit Alphen aan den Rijn.
Aanvaller Sijmon Eenkhoorn is de jongste doelpuntenmaker in de Zaterdag Topklasse. Eenkhoorn was 17 jaar en 317 dagen oud toen hij op 1 september 2012 zijn eerste doelpunt maakte voor SC Genemuiden. Overigens is GVVV-spits Dennis van Meegdenburg de oudste doelpuntenmaker in diezelfde Topklasse.[3] In de eerste drie seizoenen van de Topklasse zaterdag was Genemuiden telkens koploper na de eerste speelronde, maar in 2013 degradeerde de club toch naar de Hoofdklasse en daarmee kwam er alsnog een eind aan het continue verblijf op het hoogste niveau. Opmerkelijk hierbij was dat SC Genemuiden in dit betreffende topklasseseizoen, na kampioen vv Katwijk, met 63 doelpunten de meest scorende ploeg was, maar dus toch niet voor het hoogste amateurniveau behouden bleef. Hiermee werd de club ook de meest scorende degradant in de historie van de Topklasse.[4]
In de KNVB beker heeft Sportclub Genemuiden meerdere keren tegen eredivisie clubs gespeeld. In 2011 werd er thuis verloren van FC Groningen (3-2) en in 2012 uit van FC Twente (4-3). In 2015 werd er, na strafschoppen, gewonnen van ADO Den Haag, de ronde erna was PSV met 6-0 te sterk.