De vereniging werd opgericht op 1 juni 1918 door Jaap Cats. De eerste jaren waren er grote problemen met het veld. Vanwege ruimtegebrek had het terrein zelfs de vorm van een driehoek. Na op enkele andere locaties te zijn gevestigd, belandde de club in 1967 uiteindelijk aan de Lavendelstraat. Daar heeft de vereniging momenteel plaats voor 5.000 toeschouwers.
In 1983 promoveerde de club naar de Eerste Klasse en twaalf jaar later degradeerde de club naar de Tweede Klasse. Ondertussen werden de ‘Tricolores’ (zo genoemd vanwege het rood-wit-blauw gestreept tenue) in 1991 afdelingskampioen. In het seizoen 1995/96, het seizoen direct na de degradatie, werd Excelsior Maassluis meteen kampioen en promoveerde de club weer. Excelsior belandde in de nieuw ingevoerde Zaterdaghoofdklasse, waarin ze tot en met het seizoen 2008/09 actief was. Na één seizoen gespeeld te hebben in de Eerste Klasse B promoveerde het alweer meteen terug via de nacompetitie. In het seizoen 2010/11 kwamen de Tricolores dus weer uit in de Zaterdaghoofdklasse.
In 2006 kreeg Excelsior Maassluis als tweede amateurclub ooit een ster van de KNVB voor zijn jeugdopleiding. In 2010 is het hoofdveld van Excelsior Maassluis voorzien van kunstgras. Op zaterdag 2 oktober speelde de hoofdmacht de eerste wedstrijd daarop.
2013 was een zeer succesvol voetbaljaar voor de hoofdmacht uit Maassluis. Zij werd twee wedstrijden voor het einde van de competitie kampioen in de Hoofdklasse B, waardoor promotie naar de Topklasse, het hoogste amateurniveau, een feit werd.
In oktober 2014 werd Excelsior Maassluis beloond voor het goede werk in de jeugdopleiding. Als eerste amateurvereniging in Nederland werd door de KNVB de status van Regionale Jeugdopleiding toegekend.
Het seizoen 2014/15 verliep moeizaam. Na een inhaalslag werd degradatie uit de topklasse voorkomen. Het seizoen daarna was Excelsior Maassluis de revelatie. Nadat er sinds oktober 2015 geen wedstrijd meer verloren werd, pakte Excelsior Maassluis op de laatste speeldag de titel in de Topklasse zaterdag. Op 28 mei 2016 werd de club voor het eerst in zijn bestaan algeheel Nederlands Kampioen amateurvoetbal. Door de invoering van de open voetbalpiramide is Excelsior Maassluis (in ieder geval voorlopig) de laatste algeheel amateurkampioen.
De club speelde altijd al op zaterdag en tekende het convenant dat opgesteld was tussen de KNVB en de Belangenvereniging Zaterdagvoetbal (BZV) om te kunnen garanderen dat wedstrijden op zaterdag gespeeld kunnen worden.
In het seizoen 2016/2017 was Excelsior Maassluis als regerend algeheel amateurkampioen één van de 18 ploegen die speelde in de nieuwe Tweede Divisie. Excelsior Maassluis eindigde het seizoen op een vijfde plaats met 49 punten uit 34 wedstrijden. Hoogtepunt van dat seizoen voor de Tricolores was de wedstrijd in de 1e ronde van de KNVB beker tegen eredivisionist Heracles Almelo, die na verlenging met 1-3 werd verloren. Aan het einde van dit seizoen kreeg Excelsior Maasluis een prijs voor de beste jeugdopleiding van Nederland.
Het seizoen 2017/2018 kende, sportief gezien, weinig spektakel. Excelsior Maassluis eindigde op een 7e plek in de Tweede Divisie en in de KNVB beker werd het in de tweede voorronde op penalty's uitgeschakeld door tweede divisionist FC Lisse. Dit seizoen werd vooral gekenmerkt doordat het het seizoen was van het 100 jarige jubileum van de club. Dit werd groots gevierd en er kwam een jubileumboek over de rijke geschiedenis van de Tricolores.
Een jaar later was er sportief gezien meer te beleven op sportpark Dijkpolder. Excelsior Maassluis speelde lang mee om de landstitel, maar moest zijn meerdere erkennen in AFC Amsterdam en dus werd de club tweede met 8 punten achterstand op de koploper. Ook in de KNVB beker was er weer voldoende te beleven voor Excelsior Maassluis. In de tweede voorronde wist de club namelijk te winnen van FC 's Gravenzande waardoor het instroomde in het hoofdtoernooi. PSV kwam uit de koker en dus kwam de regerend landskampioen op bezoek op sportpark Dijkpolder. Op een afgeladen sportpark verloor Excelsior Maassluis met 0-4.
De voetbaljaargang 2019/2020 werd vanwege de uitbraak van de coronapandemie in maart afgebroken en niet meer uitgespeeld. Excelsior Maassluis stond op het moment van afbreken op een teleurstellende 12e plek. Door het winnen van een periodetitel in het voorgaande seizoen hoefde Excelsior Maassluis geen voorrondes te spelen voor het KNVB bekertoernooi. In de eerste ronde troffen de Tricolores weer een eredivisionist, deze keer kwam SC Heerenveen naar Maassluis. Ook deze keer bleef een stunt uit en verloor Excelsior Maassluis, 0-3.
Het seizoen 2020/2021 werd na 5 speelronden afgebroken wegens de coronapandemie. In de KNVB beker won Excelsior Maassluis in de tweede voorronde van VV Ter Leede, maar vanwege het verboden amateurvoetbal werd de wedstrijd in de eerste ronde van het hoofdtoernooi nooit gespeeld.
In 2021/2022 werd er eindelijk weer een volledig seizoen afgewerkt in de Tweede Divisie. Excelsior Maassluis eindigde in de middenmoot op een 10e plek. Dit seizoen zal vooral herinnerd worden om het fantastische bekeravontuur van de Tricolores. Door een 0-2 overwinning op OFC Rosmalen mocht Excelsior Maassluis weer deelnemen aan het hoofdtoernooi. In de eerste ronde trof het rivaal RKVV Westlandia, de Tricolores wisten de derby te winnen door met 2-5 te winnen in Naaldwijk. Voor Excelsior Maassluis wachtte in de tweede ronde de koploper van de Keuken Kampioen Divisie, FC Emmen. In een, vanwege de coronapandemie, lege Oude Meerdijk stuntte Excelsior Maassluis door met 0-1 te winnen door een doelpunt van Bram Wennekers. In de achtste finale volgde een wedstrijd waar iedere amateurclub van droomt, in de Johan Cruijff ArenA tegen het grote Ajax. Ook hier waren door de pandemie geen supporters bij aanwezig, wel werden de spelers bij vertrek uit Maassluis massaal uitgezwaaid en aangemoedigd door de supporters met fakkels en vuurwerk. De wedstrijd was alleen iets minder, die werd kansloos met 9-0 verloren van de latere verliezend finalist van dat jaar. Ook wist Excelsior Maassluis in dit jaar de regionale Voetbal Rijnmond Cup te veroveren.
Vanaf het seizoen 2022/2023 ging het sportief gezien niet geweldig meer voor de club uit Maassluis. Door op de laatste speeldag met een 0-0 gelijkspel een punt te pakken bij nummer 3 AFC, werd ternauwernood de play-offs om degradatie ontlopen en eindigde Excelsior Maassluis met 39 punten en een beter doelsaldo dan nummer 15 TEC op een 14 plek. Ook in het bekertoernooi ging het Excelsior niet voor de wind. Na het geweldige bekeravontuur een jaar eerder, verloor Excelsior Maassluis dit seizoen in de tweede voorronde van derde divisionist USV Hercules met 1-2 en was het avontuur in september al voorbij.
Ook het seizoen 2023/2024 was een seizoen met pieken en dalen voor Excelsior Maassluis. In de competitie kon het het kunstje van een jaar eerder niet herhalen en eindigde de ploeg op een 16e plaats en dus moesten de tricolores de play-offs in. In de eerste ronde van de play-offs werd Excelsior Maassluis gekoppeld aan USV Hercules. Na een 1-1 gelijkspel in Utrecht, werd er op sportpark Dijkpolder met 3-1 gewonnen en had Excelsior Maassluis de eerste hindernis doorstaan. In de tweede ronde was Harkemase Boys de tegenstander. Na weer een 1-1 gelijkspel in de heenwedstrijd, wist Excelsior Maassluis deze keer na verlenging met 2-1 te winnen van de Friezen en waren ze twee wedstrijden van handhaving in de Tweede Divisie. Op weg naar die handhaving was SC Genemuiden de laatste horde. Op sportpark Dijkpolder werd in de heenwedstrijd al met 3-1 gewonnen en dus reisden de tricolores met vertrouwen af naar Overijssel voor de terugwedstrijd. Op een volgepakt sportpark werd er met 0-3 gewonnen en dus was handhaving een feit. In de KNVB beker was Excelsior Maassluis in de tweede voorronde na penalty's te sterk voor RKSV Nuenen. In de eerste ronde trof Excelsior Maassluis eredivisionist FC Volendam. Door een snelle 1-0 van Redouan Omar Ouali wist Excelsior weer eens te stunten en won het met 1-0 van het Andere Oranje. In de tweede ronde kreeg Excelsior Maassluis te maken met een uitwedstrijd tegen derde divisionist RKVV DEM. In Beverwijk werd met veel moeite met 0-1 gewonnen door een goal van Giovanni da Fonseca en dus stootte de tricolores door tot de achste finale van het bekertoernooi. In de deze achtste finale trof de ploeg van Steye Jacobs ADO Den Haag. De wedstrijd werd wegens veiligheidsredenen op het Kasteel van Sparta Rotterdam afgewerkt. Ongeveer 3500 supporters zagen Excelsior Maassluis al in de eerste minuut op voorsprong komen door een goal van aanvoerder Kevin Dercks, maar die goal kwam net te vroeg. In de slotfase sloeg ADO twee keer toe en verloor Excelsior Maassluis met 1-2.