In de paasvakantie van 1931 komt een stel vrienden uit het centrum van Nijkerk op het idee om samen een voetbal te gaan kopen en daarmee te gaan doeltrappen op een braakliggend zandveld nabij Driedorp, nu nog steeds een kern van de gemeente Nijkerk. Zo begint het en de eerste stappen zijn gezet en al spoedig krijgt men de smaak te pakken en daarmee de behoefte de krachten te meten met anderen. Een sportvereniging wordt opgericht, die de naam Sparta meekrijgt. Er wordt kleding aangeschaft en er wordt gekozen voor een oranje shirt met witte boorden en kragen. De officiële oprichtingsdatum wordt 15 mei 1931.
In 1948 wordt een afdeling korfbal opgericht. In 1971 komt de afdeling Sparta Basketbal erbij en in 1975 gaat de afdeling zaalvoetbal van start. In 1983 splitst de afdeling voetbal zich af en gaat onafhankelijk verder als v.v. Sparta (N).
Er verrijst een nieuwe accommodatie, die op 3 januari 1987 wordt geopend. De Amersfoortse Pierre Stevenaart is inmiddels als hoofdtrainer aangetrokken. In 1987 promoveert Sparta (N) voor het eerst in haar geschiedenis naar de Eerste klasse (op dat moment het hoogste podium van het zaterdagamateurvoetbal), Sparta (N) wordt ongeslagen kampioen van de Tweede klasse (2C). Een paar jaar later verdwijnt de N tussen haakjes en wordt gekozen om de naam Sparta Nijkerk voluit te schrijven.
In 1991 degradeert Sparta Nijkerk onder leiding van hoofdtrainer Jan Lankreijer, maar met dezelfde trainer is de club het jaar daarop alweer terug op het hoogste niveau. In 1994 is degradatie voor de tweede keer een feit. Het duurt nu drie seizoenen voor de club weer terug is. Sparta Nijkerk heeft inmiddels trainer Henk van de Pol uit Barneveld voor de hoofdmacht gezet. In de Eerste klasse A wordt hij in 1997 met Sparta Nijkerk kampioen en promoveert naar de Hoofdklasse, die door de KNVB het jaar daarvoor ook voor het zaterdagamateurvoetbal is ingevoerd.
In 2000 haalt Sparta Nijkerk de Baarnaar Peter Visee als naar Nijkerk. Visee, die slechts een seizoen blijft, eindigt met Sparta Nijkerk op de derde plaats in de eindrangschikking in de Hoofdklasse B. Er worden 56 punten behaald en eveneens is de eerste periodetitel een feit. Albert van Nijhuis, afkomstig van FC Horst en door Visee naar Nijkerk gehaald, wordt met 23 doelpunten topscorer van zowel het zaterdag- als zondagamateurvoetbal. Na het vertrek van Peter Visee naar SV Spakenburg duikelt Sparta Nijkerk het seizoen daarop weer uit de Hoofdklasse. Erik Assink, die halverwege het seizoen 2001/02 naar Nijkerk is gehaald als opvolger van de ontslagen Tijs Schipper, lukt het niet de Nijkerkers te behouden voor de Hoofdklasse. Sparta Nijkerk heeft aan 33 punten niet genoeg om te ontsnappen aan het spelen van een promotie-degradatiewedstrijd. Op het veld van Roda Boys in Aalst is op zaterdag 25 mei 2002 het onbekende TOGR uit Rotterdam de tegenstander. Sparta Nijkerk verliest met 1-4.
Ook nu is de degradatie van korte duur. Het seizoen daarop wordt Sparta Nijkerk in de Eerste klasse D kampioen. In het seizoen 2003/04 eindigt de club in de Hoofdklasse B op een vierde plaats. DOVO, winnaar van de eerste periodetitel, wordt dat seizoen kampioen en Sparta Nijkerk neemt hun plaats in in de promotie/degradatiewedstrijden.
In het seizoen 2004/05 eindigt Erik Assink, bezig aan zijn vierde en laatste seizoen in Nijkerk, met Sparta Nijkerk op een zevende plaats in de Hoofdklasse B.
In het seizoen 2007/08 behaalt Sparta haar beste resultaat op het hoogste niveau uit haar geschiedenis. Onder trainer van Arum staat Sparta Nijkerk lange tijd bovenaan in de Hoofdklasse B. Enkele wedstrijden voor het eind staat men zelfs vijf punten voor op Spakenburg wat het hele seizoen de grootste uitdager is. Uiteindelijk wordt op de laatste competitiedag de titelstrijd in het nadeel van de Nijkerkers beslist. Na enkele povere resultaten is het toch Spakenburg wat over de langste adem beschikt en kampioen wordt in de Hoofdklasse B.
Sparta Nijkerk had een zeer slechte start van het seizoen 2008/09. In de eerste wedstrijd werd tegen Zwaluwen'30/Henver een 3-0-overwinning weggegeven, dat duel eindigde in 3-3. Een week later kwam IJsselmeervogels op bezoek in Nijkerk. Sparta verloor tevergeefs met 3-0. De eerste periode was zeer slecht. In de tweede periode is Sparta goed geklommen. Er werd ook gewonnen van HSV Hoek met 2-1, waardoor Sparta Nijkerk op de 2e plaats in de zaterdag Hoofdklasse B staat. Het puntenverschil met nummer 1 IJsselmeervogels was 7 punten, met nummer 3 HSV Hoek 2 punten. Sparta Nijkerk is 7e geworden en heeft uit de laatste 6 wedstrijden maar 2 punten weten te halen.
Toch speelde Sparta Nijkerk het seizoen erop weer in de landelijke KNVB beker. Door een halve finale plaats in de districtsbeker Oost werd dit behaald.
In het seizoen 2010/11 speelde Sparta Nijkerk in de net opgerichte Topklasse waarin het op de een-na-laatste plaats eindigde en degradeerde. In dat seizoen werd eredivisionist Excelsior in de vierde ronde van de KNVB beker met 2-1 verslagen. In de daaropvolgende achtste finale was vv Noordwijk te sterk.
In het seizoen 2011/12 stelt Sparta Nijkerk zich ten doel om terug te keren in de Topklasse. Dit mislukt volledig en de Nijkerkers moeten zelfs strijden tegen degradatie. Uiteindelijk eindigt de ploeg met 34 punten op de 5e plaats in de zaterdag Hoofdklasse A.
Het jaar daarop gaat Sparta Nijkerk spelen in de zaterdag Hoofdklasse C. Het elftal eindigt enigszins teleurstellend met 39 punten op de 6e plaats, in een jaar waarin tweemaal de "Nijkerkse derby" met 1-0 wordt gewonnen van NSC
In het seizoen 2013/14 verhuist Sparta Nijkerk weer naar de zaterdag Hoofdklasse A, en wordt winnaar van de eerste periodetitel. De ploeg gaat als zogenaamde "winterkampioen" 2014 in met een voorsprong van 7 punten op Ajax. Sparta wordt ook kampioen in de zaterdag Hoofdklasse A en promoveert (weer) naar de Topklasse. Hoofdtrainer Simon Ouaali krijgt dit seizoen als beste amateurtrainer van het jaar de Rinus Michels Award uitgereikt. In de topklasse eindigt Sparta Nijkerk op de 15e plaats en speelt zodoende in het seizoen 2015/2016 weer in de zaterdag Hoofdklasse A. Door een teleurstellende 7e plaats komt Sparta Nijkerk ook in het seizoen 2016/2017 weer uit in de Hoofdklasse. Ook in het seizoen 2017/2018 en 2018/2019 speelt Sparta Nijkerk hoofdklasse. In laatstgenoemde seizoen word de ploeg 3e en bereikt het de finale van de nacompetitie, waarin RKAV Volendam de tegenstander zal zijn op 11 en 15 juni 2019.
De grootste rivaal van Sparta Nijkerk is NSC. Wedstrijden tegen deze plaatsgenoot kwamen tot het seizoen 2012/13 lange tijd door het klassenverschil niet voor in competitieverband, waardoor voor lange tijd de wedstrijden tegen SV Spakenburg en IJsselmeervogels de publiekstrekkers waren. Naast deze wedstrijden kent Sparta Nijkerk nog een aantal wedstrijden waar meer aandacht op gevestigd is, zoals de wedstrijden tegen SDC Putten en VVOG.
