Alle lotingen met uitzondering van de groepsfase vonden plaats in het UEFA hoofdkantoor in Nyon, Zwitserland.
De loting van de groepsfase vond plaats in Monaco.
Oekraïne/Griekenland (OEK/GRI): Metalist Charkov is uit de Champions League gehaald. PAOK Saloniki die eerder uitgeschakeld was in de 3e voorronde van de Champions League neemt de plaats over van Metalist. De tegenstander van PAOK Saloniki, Maccabi Tel Aviv FC in de Europa League is nu zonder te spelen automatisch geplaatst voor de groepsfase.
Turkije (TUR): Fenerbahçe SK is uitgesloten van Europees voetbal. Dat heeft het CAS bekendgemaakt. De UEFA heeft bekendgemaakt dat uit de verliezers van de play-offronde de vervanger van Fenerbahçe SK wordt geloot. Beşiktaş JK werd ook door de UEFA uitgesloten van Europees voetbal. Het CAS is hierop ingegaan. Het Noorse Tromsø IL die in de play-offronde verloor van Beşiktaş JK gaat daardoor nu naar de groepsfase van de Europa League.
Engeland (ENG): Swansea City AFC is een club afkomstig uit Wales maar zal uitkomen in Europa als een van de Engelse deelnemers omdat zij de Football League Cup 2012/13 hebben gewonnen.
Spanje (SPA): Málaga CF is als zesde geëindigd in de competitie en zou dus recht hebben op een plaats in de play-offronde, maar is door de UEFA uitgesloten voor deelname. Real Betis, als zevende geëindigd, mag daarom het ticket van Málaga overnemen. Hierdoor mag Sevilla FC, als negende geëindigd, het oorspronkelijke ticket van Real Betis overnemen doordat Rayo Vallecano die als achtste is geëindigd geen UEFA licentie heeft bemachtigd.
Bosnië en Herzegovina (BEH): FK Borac Banja Luka is als derde geëindigd in de competitie en zou dus recht hebben op een plaats in de 1e voorronde, maar doordat zij geen UEFA licentie hebben bemachtigd, mag HŠK Zrinjski Mostar, dat als negende is geëindigd, het ticket overnemen. Zrinjski Mostar was het hoogst geplaatste team met een UEFA licentie die zich nog niet had geplaatst voor een Europees toernooi.
Ierland (IRL): Derry City FC is een club afkomstig uit Noord-Ierland, maar zal uitkomen in Europa als een van de Ierse deelnemers omdat zij de FAI Cup hebben gewonnen (de coefficiënt punten die Derry City behaald, zullen worden toegekend aan Ierland en niet aan Noord-Ierland).
Griekenland (GRI): PAS Giannina eindigde als 5e in de Griekse competitie, echter net zoals de nummer 6 Panathinaikos FC, wordt ze uitgesloten van deelname doordat ze niet voldoen aan de Financial Fair Play. Hierdoor mag de nummer 7 Skoda Xanthi in hun plaats meedoen aan de Europa League.
Een totaal van 195 teams van 53 bonden deden mee aan deze editie van de Europa League. De verdeling ging op basis van de ranglijst van de UEFA-coëfficiënten. Hierbij werd gekeken naar de Europese prestaties van seizoen 2006/07 tot en met 2010/11.
Hieronder de verdeling van de plaatsen:
Van de bonden 1–6 kwalificeerden zich drie teams.
Van de bonden 7-9 kwalificeerden zich vier teams.
Van de bonden 10-51 kwalificeerden zich drie teams, behalve Liechtenstein (1 team).
Van de bonden 52-53 kwalificeerden zich twee teams.
De winnaar van de vorige editie, de titelverdediger, kwalificeerde zich automatisch voor de groepsfase van het toernooi indien zij geen UEFA Champions League-ticket had verkregen voor dit seizoen.
33 teams die in de UEFA Champions League 2013/14 werden uitgeschakeld, plaatsten zich voor de Europa League (8× Laatste 32, 10× Groepsfase en 15× Play-off ronde).
Er stroomden 33 teams in (waaronder 14 teams uit de derde voorronde Champions League) naast de 29 winnaars uit de derde voorronde; in totaal deden 62 teams aan deze ronde mee. De 31 winnaars plaatsten zich voor de groepsfase.
De wedstrijden werden gespeeld op 22 en 29 augustus 2013.
*Maccabi Tel Aviv FC is automatisch geplaatst voor de groepsfase, door het verwijderen van Metalist Charkov uit de Champions League, en daardoor het laten toetreden van PAOK Saloniki aan de play-offs van de Champions League. ** De wedstrijd AZ - Atromitos werd in de 60e minuut gestaakt bij een 0 - 1-tussenstand wegens brand in het stadion. De wedstrijd werd op vrijdag 30 augustus om 11:00 uitgespeeld. ***Tromsø IL is automatisch geplaatst voor de groepsfase, door het uitsluiten van Beşiktaş JK uit de Europa League vanwege het onreglementair beïnvloeden van wedstrijden.
De loting van de groepsfase vond plaats op 30 augustus 2013.
De wedstrijden van de groepsfase werden gespeeld op 19 september, 3 en 24 oktober, 7 en 28 november en 12 december 2013.
Groepswinnaars en nummers twee gaan door naar de tweede ronde
Uitgeschakeld
*APOEL Nicosia mag meedoen aan de groepsfase, ondanks dat zij uitschakeld werden in de Play-off ronde. APOEL Nicosia werd namelijk geloot bij de loting om de vrij gekomen plaats van Fenerbahçe SK te kunnen overnemen.
Tijdens de loting voor de laatste 32, zullen de twaalf groep winnaars en de 4 sterkste nummers 3 uit de 1e ronde van de Champions League een geplaatste status hebben, de twaalf nummers 2 en de 4 slechtste nummers 3 van de 1e ronde Champions League zullen een ongeplaatste status hebben. De geplaatste teams zullen worden geloot tegen de ongeplaatste teams. Ploegen die in dezelfde groep zaten en ploegen uit dezelfde landen kunnen in deze ronde niet tegen elkaar worden geloot.
Vanaf de achtste finales zal er geen geplaatste en ongeplaatste status meer zijn en kan iedereen elkaar loten.
De loting vond plaats op 16 december 2013 om 13:00 in Nyon, Zwitserland.
De heenwedstrijden werden gespeeld op 20 februari 2014. Op 27 februari 2014 waren de returns.
De loting vond plaats op 16 december 2013 om 13:00 in Nyon, Zwitserland.
De heenwedstrijden werden gespeeld op 13 maart 2014. Op 20 maart 2014 waren de returns.
De loting voor de kwartfinales vond plaats op 21 maart 2014 om 13:00 in Nyon, Zwitserland.
De heenwedstrijden werden gespeeld op 3 april 2014. Op 10 april 2014 waren de returns.
De loting voor de halve finale en finale vond plaats op 11 april 2014 om 12:00 in Nyon, Zwitserland. De heenwedstrijden werden gespeeld op 24 april 2014. Op 1 mei 2014 waren de returns.