De vereniging werd op 28 maart 1914 opgericht. Vanaf 1918 werd gespeeld op het sportterrein “De Koeburg” aan de Laan van Rijnwijk, tussen Zeist en Driebergen.
Tot 1976 speelde het eerste elftal op De Koeburg. Wegens een gebrek aan ruimte op deze locatie speelden andere elftallen echter elders in Zeist. In mei 1976 verhuisde SV Zeist naar het Sportpark Dijnselburg in Huis ter Heide. De houten zittribune die vanaf 1949 op De Koeburg in gebruik was, verhuisde mee naar de nieuwe locatie en werd in 2005 gerenoveerd.
Er werd ook een aantal keer deelgenomen aan de KNVB beker. Clubspeler van de eeuw is Teus van Rheenen die speelde in de periode 1941–1965.
Met ingang van het seizoen 2020/21 komt het standaardelftal uit in de zaterdagafdeling van het amateurvoetbal, daarmee is “Zeist” een van de vele verenigingen die de overstap van (standaard)zondagvoetbal naar zaterdagvoetbal hebben gemaakt. Het startte in de Derde klasse van het KNVB-district West-I, het laagste niveau in dit district.
Het zondagelftal speelde laatstelijk in het seizoen 2018/19, waar het uitkwam in de Vierde klasse van West-I.
Na het profavontuur startte het team in 1961 weer in de Derde klasse en speelde hierna voornamelijk in deze, in de Vierde klasse en drie perioden in de UPVB. Na terugkeer bij de KNVB werd twee keer de Tweede klasse bereikt (1997/98-1998/99 en in 2000/01). In de jaren daarna zakte het terug tot de Vijfde klasse. In het seizoen 2010/11 volgde promotie naar de Vierde klasse, in 2014/15 werd promotie naar de Derde klasse, waar het twee seizoenen verbleef.
In 1955 werd SV Zeist door de Koninklijke Nederlandse Voetbalbond toegelaten tot het betaald voetbal. De club is in de historie van het Nederlandse voetbal de enige derdeklasser die rechtstreeks de stap naar de professionele sport heeft gemaakt.
SV Zeist werd in het seizoen 1955/56 zevende in de Eerste klasse C en speelde vervolgens vijf seizoenen in de Tweede divisie. De eerste seizoenen lukt het nog om gemiddeld ongeveer 3000 toeschouwers per wedstrijd te trekken, maar later liepen de aantallen terug. Na een zeventiende plaats in seizoen 1960/61 volgde terugzetting naar het amateurvoetbal. De club had in zes jaar semi-professioneel voetbal een schuldenlast van 68.000 gulden opgebouwd.