Amboina is een (van oorsprong) Molukse voetbalvereniging, opgericht op 30 april 1962 in woonoord Schattenberg. De club was een samengang van de jongerenteams "Black Boys" en "Molukse Boys". In 1965 sloot de club zich aan bij de KNVB.[1]
Op 21 mei 1977 won AZ Alkmaar, met Willem van Hanegem als grote publiekstrekker, in Assen met 0–7 van Amboina. De jubileumwedstrijd werd gespeeld voor enkele duizenden toeschouwers op Stadion Marsdijk[2]
Als gevolg van valse beloftes van de Nederlandse overheid aan de Zuid-Molukkers in Nederland, waren de jaren 1970 ook gekenmerkt door radicalisering van de 'tweede generatie' Zuid-Molukse jongeren. Tussen 23 mei tot 11 juni 1977 vond de Treinkaping bij De Punt plaats. Vijf van de zes treinkapers die omkwamen, waren voetballers van FC Amboina.[3] De actie kon op veel sympathie rekenen van de Zuid-Molukse gemeenschap.
Halverwege de jaren tachtig haalt Amboina het hoogtepunt met het bijna promoveren naar de Eerste klasse, destijds het vierde niveau van het Nederlands voetbal. Daarna gaat het bergafwaarts met de vereniging. In het seizoen 2014/15 haalt de KNVB alle teams van Amboina uit de competitie vanwege organisatorische ongeregeldheden. In het seizoen 2015/16 krabbelt de vereniging er weer bovenop en mag weer meedoen aan de competitie. Tot aan de start van het seizoen 2020/21, waarna de club opgeheven werd. In september 2020 werd de voetbalclub opgeheven.[4]
In 2023 keert FC Amboina weer terug, nadat er onder een nieuwe groep vrijwilligers weer draagvlak was voor een terugkeer van FC Amboina in het Drentse amateurvoetbal.[5]
Tijdens het seizoen 2023/24 komt FC Amboina uit in de 5e klasse 20, een zaterdagcompetitie waarin voornamelijk reserveteams uitkomen.
Dit elftal, en op dat moment het enige elftal van de club, speelde in het seizoen 2013/14 in de Vijfde klasse zondag. Eind juni 2014 werd een (inmiddels oud-)speler van de club tot negen maanden cel veroordeeld vanwege geweld op het veld op 27 oktober 2013 in de uitwedstrijd bij SVZ.[6][7] Voor het seizoen 2014/15 werd de club door de KNVB niet ingedeeld vanwege betalingsachterstanden aan de voetbalbond.[8] In het seizoen 2003/04 werd de club uit de competitie gehaald.[9]
Nationaal (KNVB)
Communautair (Zuid-Moluks)