Danneels werd door de pers vaak getypeerd als "[[progressivisme|progressief]]". Ook conservatieven en [[Traditionalisme (rooms-katholicisme)|traditionele]] katholieken hebben hem dit verweten. Zijn [[kritiek]] op de gang van zaken, onder andere tijdens de bisschoppensynode en het bijzonder consistorie van 2001 in het Vaticaan heeft hem naast kardinalen als Walter Kasper en [[Carlo Maria Martini]] mogelijk als [[papabile|verkiesbare kardinaal]] in het [[Conclaaf van 2005]] parten gespeeld. Het gegeven dat de Belgische politieke overheden wetgeving voor stemden waarbij [[abortus]] en [[euthanasie]] [[legalisatie|gelegaliseerd]] werden, en dat België na Nederland als tweede land ter wereld is het [[homohuwelijk|huwelijk]] voor partners van gelijk geslacht opengesteld heeftopengestelde, speelde volgens verscheidene Belgische kranten niet in zijn voordeel. Dat Danneels als [[grootkanselier]] van de [[Katholieke Universiteit Leuven]] (KU Leuven) en de [[Université catholique de Louvain]] (UCL) niet in staat was iets te ondernemen tegen het [[stamcel]]onderzoek dat aan deze beide universiteiten werd uitgevoerd op stamcellen verkregen uit overtallige [[embryo]]'s, werd door een aantal [[Roomsrooms-katholiekekatholieken]] stemmen gezien als een tekortkoming. In dergelijke aangelegenheden verwijst Danneels zelf vaak naar de officiële reactie van het Belgische episcopaat op de encycliek [[Humanae Vitae]] van 1968, waarin onder leiding van zijn voorganger, kardinaal Suenens, werd gewezen op het recht van katholieken om hun geweten te volgen, zoals dat werd uitgedrukt in de constitutie over de kerk in de moderne wereld [[Gaudium et Spes]] van het Tweede Vaticaans Concilie. Dit verhelderde Danneels onder andere in de lezingenreeks die hij in oktober 2007 hield in de [[Verenigde Staten|Verenigde Staten van Amerika]] op uitnodiging van diverse kerkelijke en universitaire instanties. In [[San Francisco]] handelde zijn lezing in Fairfax Saint Rita Church over katholieke evangelisatie en [[Populorum Progressio]], in [[Washington D.C.|Washington]] in het kader van de Frederick R. McManus Memorial Lecture Series sprak de kardinaal over de liturgie 40 jaar na het Tweede Vaticaans Concilie. Ten slotte hield hij een lezing voor de gelovigen en de priesters van het bisdom [[Cleveland (Ohio)|Cleveland]] over de beloften van de [[liturgie|liturgische]] vernieuwing.
Ook het bericht van de ondertekening op 26 juni 2002 van de ''Gemeenschappelijke verklaring over de gelijke behandeling van hetero- en [[holebi]]seksualiteit in het onderwijs'' door het [[Vlaams Secretariaat van het Katholiek Onderwijs|VSKO]] is door sommigeeen deel van de gelovigen in Vlaanderen met huivering en ongeloof ontvangen omdat het indruist tegen de geloofsleer van de Rooms-Katholieke Kerk. Het VSKO werd met name door de Belgische bisschoppen belast met de coördinatie en de vertegenwoordiging van het katholiek onderwijs in [[Vlaanderen]]. Volgens de biografie van Danneels schreef de kardinaal in 2003 een brief aan Belgisch formateur [[Guy Verhofstadt]], waarin hij zich positief uitdrukte over het wegwerken van discriminatie ten overstaan van holebi's in België. Voor Danneels behoorde de problematiek tot de kwestie van godsdienstvrijheid zoals die in het conciliedocument [[Dignitatis Humanae]] werd omschreven. Hij oordeelde evenwel dat een verbintenis tussen partners van hetzelfde geslacht niet kan worden omschreven als [[huwelijk]].
Hoewel Danneels eerder aansluitaansloot bij meer vooruitstrevende richtingen binnen het hoogste gezag in de katholiekeRooms-Katholieke kerkKerk, iswas hij geen voorstander van abortus of euthanasie, maar respecteertrespecteerde hij wel de door Vaticanum II officieel aanvaarde scheiding tussen kerkerk en staat in dergelijke zaken. Op moraal vlak verzette hij zich echter meermaals tegen de ontwikkelingen in België. Hij zei in zijn [[Pasen|Paas]]preek van 2008 naar aanleiding van de [[euthanasie]] van [[Hugo Claus]]: ''Door zomaar uit het leven te stappen, antwoordt men niet op het probleem van lijden en dood. Men loopt er in een boog omheen en omzeilt het. Omzeilen is geen heldendaad, geen voer voor frontpaginanieuws.''
Danneels verklaarde in verband met de wet m.b.t. euthanasie en de eventuele uitbreiding ervan dat "het gaat om een keuze tussen twee beschavingen: een beschaving van de mensen die van zichzelf helemaal meester (willen) zijn en een beschaving waar er voor een [[God (christendom)|God]] en het bovenmenselijke nog plaats is ... ik denk dat het een uitwas is van een typische ontwikkeling van ik zou bijna zeggen van een kankerachtige groei van het bewustzijn dat in de [[Renaissance]] gelukkig ontwaakt is, maar dat nu bijna kankerachtige proporties heeft aangenomen, dat nu op hol slaat."<ref>[[Katholieke Televisie- en Radio-Omroep|Het Braambos]], 13 april 2008</ref>
