Doordat Den Uyl wasgraag vanaflas, 1944kwam gehuwdhij in contact met de uitgever [[Geert van Oorschot]]. In diens omgeving ontmoette hij [[Liesbeth den Uyl|Liesbeth van Vessem]].<ref>Maas, P.F. (1982) Kabinetsformaties 1959-1973, p. 360</ref> Hij trouwde met haar in 1944. Ze kregen tussen 1946 en 1965 vier dochters en drie zonen, door cabaretier [[Wim Kan]] ooit schertsend ''"de Uylskuikens"'' genoemd. Hun dochter [[Saskia Noorman-den Uyl|Saskia]] (1946) was tussen 1994 en 2006 fractielid van de PvdA in de Tweede Kamer, dochter [[Barbara den Uyl|Barbara]] (1949) is filmmaakster en zoon [[Xander den Uyl|Xander]] (1953) was bondssecretaris van de [[Abvakabo FNV|Abvakabo]] en is nu voorzitter van de raad van toezicht van de Dunamare Onderwijsgroep.
In 1985 ontving Den Uyl van zijn [[alma mater]], de [[Universiteit van Amsterdam]], een [[eredoctoraat]]. Tot die tijd werd Den Uyl wel aangeduid met "de [[doctorandus]] uit Buitenveldert". Joop den Uyl overleed in 1987 op 68-jarige leeftijd aan een [[hersentumor]].<ref name="Jonge, A.A. de 2012"/>
