Het museum was vanaf de opening op 8 december 1998 tot 22 oktober 2007 gevestigd in de [[Elleboogkerk]] in Amersfoort. Op die laatste datum brak in de kerk een uitslaande brand uit. De brand was zo groot van omvang dat vrijwel de volledige aanwezige collectie verloren is gegaan. In het Armando Museum was op dat moment de tentoonstelling ''In het woud - op zoek naar betekenis'' te zien met vele werken van internationaal vermaarde kunstenaars (onder andereanderen [[Albrecht Dürer]], [[Jacob van Ruisdael]], [[Anselm Kiefer]], [[Richard Long (kunstenaar)|Richard Long]], [[Charles-François Daubigny]], [[Luc Tuymans]] en [[Hercules Seghers]]). De werken hadden een verzekerde waarde van vier miljoen euro. In het museum gingen voorts 34 schilderijen en een sculptuur van Armando verloren. De documentaire collectie van het Armando Museum, waaronder persoonlijk archiefmateriaal van Armando, liep grote waterschade op.
Het museum exposeerde na de brand in 2007 tijdelijk op diverse locaties in Amersfoort, waaronder in de [[Sint Aegtenkapel]] en in het [[Mondriaanhuis]] in Amersfoort. Het Armando Museum Bureau, dat zich bevindt in het [[Rietveldpaviljoen]] (voorheen De Zonnehof, Centrum voor Moderne Kunst) aan de Zonnehof 8 in Amersfoort, opende op 16 november 2008 haarzijn deuren voor het publiek met de tentoonstelling: ''Het vuur voorbij - Armando en [[Raffael Rheinsberg]]''. Eind 2010 verschenen plannen om het Armando Museum te huisvesten in [[Oud-Amelisweerd]] te [[Bunnik (plaats)|Bunnik]].<ref>[http://www.feniksuitdeas.nl/nieuwsberichten/initiatieffase_haalbaarheidsonderzoek_herhuisvesting_armando_museum_afgerondpartijen_ondertekenen_intentieverklaring Initiatieffase haalbaarheidsonderzoek herhuisvesting Armando Museum afgerond. Partijen ondertekenen intentieverklaring]. Stichting Ondersteuning Amando Museum, 3 december 2010</ref>
