Zowel BC als TSV Schwaben waren jaren actief geweest in de hoogste afdelingen, echter door de oprichting van de Bundesliga verzeilden de clubs in de tweede en derde klasse. Hierdoor besloten ze de krachten te bundelen in 1969 toen Schwaben uit de Regionalliga degradeerde en BC in de Bayernliga speelde. TSV Schwaben bleef wel als sportclub bestaan en behield zelfs zijn amateurelftal maar maakte de belofte nooit meer profvoetbal te zullen spelen. BC Augsburg ging helemaal op in de nieuwe club FC Augsburg.
Het duurde vier jaar vooraleer de club promotie kon afdwingen naar de Regionalliga. In het eerste seizoen had de club wel vele supporters. Op de tweede speeldag daagden in het Olympiastadion van München tussen de 90.000 en 100.000 toeschouwers op voor de wedstrijd TSV 1860 tegen Augsburg. In het eigen Rosenaustadion daagden 42.000 toeschouwers op voor een wedstrijd tegen 1. FC Nürnberg. De club werd sensationeel kampioen en nam deel aan de eindronde om te promoveren naar de Bundesliga, maar verloor hier van Tennis Borussia Berlin.Na dit seizoen werd de 2. Bundesliga ingevoerd als nieuwe tweede klasse. De concurrentie in deze tweereeksige competitie was een stuk hoger dan in de Regionalliga en Augsburg was hier slechts een grijze muis. In 1978/79 degradeerde de club. Tot 1983 promoveerde of degradeerde de club elk jaar tussen de 2. Bundesliga en de Bayernliga. Tot 1994 speelde de club in de Bayernliga en eindigde steevast in de top acht. In 1994 werd de club kampioen maar door de invoering van de Regionalliga als nieuwe derde klasse onder de 2. Bundesliga steeg de club eigenlijk geen niveau. In de Regionalliga was Augsburg slechts een middenmoter.
In 2000 kreeg de club geen licentie en ondanks dat het 8ste eindigde degradeerde de club naar de 4de klasse, na 2 seizoenen keerde FCA terug. Nadat de club nieuwe investeerders vond begon het economisch herstel. De volgende 4 seizoenen eindigde de club in de top 4 en na 2005/06 mocht de club eindelijk nog eens promoveren naar de 2. Bundesliga. In 2009/10 eindigde de club derde. Voorheen gaf dit ook recht op rechtstreekse promotie, maar nu moest de club eerst langs de nummer 16 van de Bundesliga, Nürnberg, en verloor. Een jaar later werd Augsburg tweede en promoveerde nu wel rechtstreeks naar de Bundesliga. De eerste winst in de Bundesliga kon de club op de negende speeldag vieren, tegen 1. FSV Mainz 05. Uiteindelijk werd de club veertiende. FC Augsburg dwong ook in de volgende seizoenen lijfsbehoud af: in 2012/13 eindigde het vijftiende, in 2013/14 haalde het plaats acht op de ranglijst. Het seizoen 2014/15 was een hoogtepunt: het kwalificeerde zich in via een vijfde plaats in 2014/15 voor het eerst in de clubhistorie voor Europees voetbal, in de UEFA Europa League 2015/16.
In de Europa League 2015/16 eindigde Augsburg tweedes in een groep met Athletic Bilbao (groepswinnaar), FK Partizan en AZ. In de tweede ronde trof het Liverpool. Thuis bleef het 0-0, in de terugwedstrijd betekende een penalty van James Milner de Europese uitschakeling voor Augsburg. In de competitie gleed het af en belandde het op stek twaalf. Ook de komende seizoenen eindigde Augsburg ondanks soms erg goede seizoensstarten rond deze positie. Op 30 september 2018 maakte Alfred Finnbogason een hattrick voor Augsburg in de met 4-1 gewonnen wedstrijd tegen Freiburg. Hierdoor passeerde hij Tobias Werner als topschutter van de club in de Bundesliga met 25 goals. Op de laatste speeldag van het seizoen 2018/19 verloor Augsburg met 8-1 tegen Vfl Wolfsburg; de zwaarste Bundesliga-nederlaag ooit voor de club, vier speeldagen nadat tegen Stuttgart de grootste zege ooit in de hoogste klasse werd geboekt (6-0). Augsburg eindigde dat seizoen op de 15e positie op de ranglijst.
Klaus Hofmann
.svg){kind=small}
Martin Schmidt
.svg){kind=small}
Gino Lettieri
Max Merkel
.svg){kind=small}
Slobodan Cendic
