Hij raakte los van de mens-gecentreerde theologie van de Groninger richting, onder andere door het lezen van geschriften. Een hiervan was 'Cardifonia' van de Engelse prediker [[John Newton]](waaronder 'Cardifonia'). Zijn bezwaren tegen de "gangbare theologie” en tegen de organisatie van de hervormde kerk namen toe en conflicten bleven niet uit. In juni 1843 hield Feisser een [[referaat]] voor een vergadering in de ring [[Assen]]. Dit werd de aanleiding tot zijn breuk met de Hervormde Kerk. Tijdens het conflict met de kerkenraad weigerde Feisser de bediening van doop en avondmaal. In augustus van dat jaar schreef hij "Waakt op!" Zijn uitspraken en afwijzing van de [[kinderdoop]] leidden tot een "kerkelijk proces" tegen hem, met als resultaat ontzetting uit het ambt op 19 december 1843. Op nieuwjaarsdag 1844 vernam de gemeente van Gasselternijveen vanaf de [[kansel]] de beslissing van het Provinciaal Kerkbestuur. Dominee Feisser en zijn vrouw stonden van de ene dag op de andere op straat. Zij hielden zich staande en zetten de prediking vanuit huis voort. Johannes nam de pen weer op en schreef in februari 1844 zijn tractaat: "Die den Geest Christi niet heeft, die komt Hem niet toe! Eene noodige waarschuwing voor alle heilzoekende zielen onder de Afgescheidenen en Niet-Afgescheidenen in Nederland". In hetzelfde jaar volgde "Getrouw Verhaal", waarin hij breedvoerig verslag deed van zijn werkzaamheden en lotgevallen te Gasselternijveen.
