Na het uiteenvallen van de Sovjet-Unie zakte het team wat weg uit de top. Het team behaalde een plaats in de [[Korać Cup]] in 1992, 1994 en 1995 zonder veel succes, ondanks spelers zoals [[Sergej Bazarevitsj]], [[Pavel Astachov]], [[Sergej Babenko]] en [[Jevgeni Pasjoetin]]. Met de vele goede maar dure spelers kwam Dinamo Moskou in financiële problemen en verdween in 1997 terwijl ze voor de eerste keer in de [[EuroLeague]] mochten uitkomen. Pas in 2001 kwam Dinamo terug in het Russische basketbal. MBK Dinamo Moskou kwam terecht in de [[Omnisportvereniging]] [[Dinamo OmnisportverenigingMoskou|Dinamo]] van voorzitter [[Vladimir Pronichev]]. Dinamo begon in de [[Russische superliga B (mannen)|Russische superliga B]] in het seizoen 2001/02, won meteen de titel en promoveerde naar de hoogste divisie van het Russische basketbal. De club kreeg opnieuw te maken met financiële problemen en weer moest de Dinamo-organisatie, onder leiding van voorzitter Viktor Zakharov en zijn assistent Vladimir Mikhailevski, de zaken weer op orde krijgen. MBK Dinamo Moskou sloot zich aan bij de Dinamo-organisatie in Moskou en vond een nieuwe voorzitter in hun vroegere coach [[Jevgeni Gomelski]], broer van de legendarische coach en vroegere CSKA voorzitter [[Aleksandr Gomelski]]. Dinamo eindigde als zesde in het seizoen 2002/03 met spelers zoals [[Nikita Morgoenov]], [[Martin Müürsepp]], [[Sergej Bazarevitsj]], [[Aleksandr Miloserdov]] en [[Dmitri Domani]]. Dinamo deed het nog beter in het seizoen 2003/04 met spelers zoals [[Nikos Ekonomou]], [[Jimmy Oliver]], [[Nikolaj Padioes]], [[Damir Mršić]] en [[Kenyon Jones]]. In 2006 won het team de [[EuroCup Men|ULEB Cup]] door in de finale [[Aris BC]] uit Griekenland met 73-60 te verslaan. In 2011 werd de club uitgesloten van deelname aan de Russische superliga A wegens financiële problemen.<ref>[http://www.pbleague.ru/news/963 MBK "Dinamo" verbannen uit de NP "PBL"], pbleague.ru, 18 juni 2011</ref> In 2016 werd de club opgeheven.<ref>[https://www.sports.ru/basketball/1048049800.html Vladimir Strzhalkovski: "De kwestie van de heropleving van Dinamo wordt niet overwogen"], sports.ru, 1 februari 2017</ref> In 2018 werd de club opnieuw opgericht.
