Bijwerkingen van naproxen kunnen zijn [[misselijkheid]], [[buikpijn]], [[constipatie]], [[hoofdpijn]], [[duizeligheid]], [[oorsuizen]], [[slaperigheid]], [[oedeem]], opgezette voeten door het vasthouden van vocht en [[benauwdheid]]. Naproxen kan soms een [[astma|astma-aanval]] veroorzaken. Ook kunnen maagproblemen optreden en wordt afgeraden het middel in combinatie met [[alcoholische drank|alcohol]] te gebruiken. Overmatig gebruik kan leiden tot leverfalen en in erge gevallen geelzucht. Naproxen wordt afgeraden in combinatie met [[steroïde]]n en voor mensen ouder dan 65 jaar.