Het begrip sleutelsoort is ondanks zijn veelvuldige toepassing aan kritiek onderhevig. Het belangrijkste commentaar is dat het begrip zo verschillend gebruikt kan worden en soorten kan betreffen die geheel verschillende functies kunnen vervullen en om heel verschillende rednen een belangrijke rol kunnen spelen in een ecosysteem. Het kan bijvoorbeeld gaan om grote predatorem als de [[wolf]] of de tijger, om structuurbepalende dieren als de olifant of de bever of om plantensoorten als [[Banksia prionotes]] die nectar levert aan voor de bevruchting van planten wezenlijke vogels.<ref>L. Scott Mills Michael E. Soulé Daniel F. Doak 1995, The Keystone-Species Concept in Ecology and Conservation: Management and policy must explicitly consider the complexity of interactions in natural systems, BioScience, 43 (4) 219–224, https://doi.org/10.2307/1312122 </ref> Het kan bijvoorbeeld gaan om grote predatorem als de [[wolf]] of de tijger, om structuurbepalende dieren als de olifant of de bever of om plantensoorten als [[Banksia prionotes]] die nectar levert aan voor de bevruchting van planten wezenlijke vogels.
