Om een betere structuur aan te brengen kwam er een reorganisatie binnen de OD onder leiding van Six. Mede omdat er zoveel leden waren gearresteerd liet hij geen [[sabotage]] meer bedrijven en ook hield hij zich niet bezig met de hulp aan [[onderduiker]]s. Hij trof vooral voorbereidingen zodat de OD in de laatste fase van de oorlog aan de strijd zou kunnen deelnemen. Hij leidde een dubbelleven. In het publieke leven was hij jonkheer Six, een telg uit een gefortuneerd Amsterdams [[regenten]]geslacht. In het verzet opereerde hij veelal onder een [[schuilnaam]]. Zijn ware identiteit was slechts bij zeer weinigen bekend.
OpIn het voorjaar van 1943 vroeg dominee J.Koopmans aan de koster van de Koepelkerk, Heijmen Westerveld, om de kerk ter beschikking te stellen aan een geheime organisatie. Na goedkeuring vestigde op 25 maart 1943 vestigdejonkheer J.P.Six het Algemeen Hoofdkwartier van de OD in de [[Koepelkerk (Leidsebosje)|Koepelkerk]] aan de [[Stadhouderskade (Amsterdam)|Stadhouderskade]] in [[Amsterdam]].<ref>[http://www.verzetsmuseum.org/tweede-wereldoorlog/nl/achtergrond/achtergrond,ordedienst Ordedienst (OD) en verzet door militairen] verzetsmuseum.nl''</ref> In de [[consistoriekamer]] van de kerk werd de kernstaf van de landelijke OD gevestigd. Deze kernstaf bestond uit hooguit tien personen die van tijd tot tijd in de kerk bijeen kwamen. Andere stafsecties waren op andere plaatsen in de stad gevestigd. Daarnaast had Six in de stad zijn zogenaamde spreekadressen. Op deze plaatsen werd vergaderd en werden besprekingen gevoerd.
