Tijdens een bezoek aan Londen (UKVK) voor een medische behandeling in 1998 werd Pinochet onder huisarrest geplaatst nadat een internationaal arrestatiebevel was uitgevaardigd door de [[Spanje|Spaanse]] [[rechter]] [[Baltasar Garzón|Garzón]] vanwege de martelingen tijdens zijn bewind .<ref>[http://www.nrc.nl/W2/Nieuws/2000/03/02/Vp/02.html Achttien maanden Pinochet], [[NRC Handelsblad]], 2 maart 2000</ref> De Chileense regering zette de Britse regering onder zware druk om hem niet aan Spanje uit te leveren.<ref>[http://www.nrc.nl/W2/Nieuws/1998/11/26/Vp/01.html Pinochet is niet onschendbaar], [[NRC Handelsblad]], 26 november 1998</ref> Na 16 maanden juridisch en politiek getouwtrek werd Pinochet te ziek bevonden om uit te leveren en mocht hij terugkeren naar Chili. De Britse minister van Binnenlandse Zaken, [[Jack Straw (politicus)|Jack Straw]] achtte Pinochet "mentaal ongeschikt" voor een proces.<ref>[http://www.nrc.nl/W2/Nieuws/2000/03/02/Vp/01.html Pinochet mag terug naar Chili], door [[Hans Steketee]], [[NRC Handelsblad]], 2 maart 2000</ref> Zijn status in Chili was echter ernstig aangetast.
In de daaropvolgende jaren werd de bewegingsvrijheid van Pinochet steeds meer beperkt en werd de druk vanuit de media en de linkse politieke bewegingen steeds groter om hem ter verantwoording te roepen. Eind 2004 werd zijn huisarrest opgeschort en werd hij, mogelijk vanwege een beroerte, opgenomen in het militaire hospitaal in Santiago. Pinochet en zijn aanhangers claimden dat te ziek zou zijn voor vervolging maar anderen bestreden dit.
