De tweede invalshoek is de ecologische waterkwaliteit. Verschillende planten en dieren gedijen bij verschillende waterkwaliteiten., De waterkwaliteit bepaaltdie daarmee voor een belangrijk deel bepaalt hoe een [[biotoop]] eruitziet. Dit geldt voor land- en voor waterleven. Van nature is het belangrijkste onderscheid in ecologische waterkwaliteit het zoutgehalte: een zoetwaterplant zal niet in een zout of [[brakwater|brak]] milieu worden aangetroffen. Maar ook subtielere verschillen in zoetwaterzoete water zijn bepalend voor biotopen. Het kalkgehalte, het zuurstofgehalte en de [[waterhelderheid|helderheid van het water]] zijn de belangrijkste natuurlijke factoren.
Hoe het bovenstaande in de landnatuur doorwerkt wordt bijvoorbeeld geïllustreerd aan de hand van het feit datdoor de [[maretak]] die in Nederland bijna alleen wordt aangetroffen in Zuid-Limburg. De beste verklaring voor dit verschijnsel is dat het water daar veel kalkrijker is dan in de rest van Nederland.<ref> ''NRC Handelsblad'' 18 dec. 2004, rubriek ''Alledaagse Wetenschap'', Karel Knip</ref>
Het behoud en herstel van kalkrijke milieus heeft veel aandacht in het Nederlandse natuur- en landschapsbeheer. Kalkrijk water is meestal afkomstig uit [[kwel]], grondwater dat opwelt uit soms grote diepten dat oppervlaktewater voedt of in de wortelzone van planten terechtkomt. Door sterksterke ontwatering van gebieden met kwel wordt dit water afgevoerd via de sloten. De planten worden vervolgens alleen nog door regenwater gevoed. Dit regenwater is vaak veel zuurder van samenstelling. Hierdoor komt een proces van verdringing op gang. [[Verruiging]] is het gevolg. Kalkminnende[[Kalkminnend]]e planten worden "eruit gedrukt" door algemene soorten die vaak sneller groeien en zich effectiever verspreiden onder de nieuwe omstandigheden. Waar eerst [[dotterbloem]] groeide of [[blauwgrasland]] was staat dan alleen [[brandnetel]], [[braam (plant)|braam]] en [[fluitenkruid]]. Dit proces wordt aangeduid met de term "[[verdroging]]".
Verontreiniging met [[meststoffen]] is in Nederland de belangrijkste [[antropogeen|antropogene]] factor. [[Vermesting]] van het oppervlaktewater en van de bodem versterkt veelal de effecten van verdroging. De belangrijkste meststoffen zijn [[nitraat]] en [[fosfaat]]. Nitraat heeft de neiging om "uit te spoelen" naar het grondwater en zo op de lange duur de kwaliteit van kwelstromen te beïnvloeden. Fosfaat wordt in eerste instantie gebonden aan het bodemmateriaal. Maar op zeker moment raakt de bodem verzadigd en gaat het fosfaat doorslaan naar het oppervlaktewater. Dit proces kan worden beïnvloed door maatregelen in het waterbeheer. Als de grondwaterstand verhoogd wordt, wordt het fosfaat opgelost en komt uiteindelijk in het oppervlaktewater terecht. Zie ook [[natuurdoeltypen]].
