De burgeroorlog in het zuiden ging gewoon door (sindsdien ook voorgesteld als een [[jihad]]). De SPLM en Sadiq al-Mahdi (inmiddels vrijgelaten) probeerden in 1993 gezamenlijk een staatsgreep te plegen, die echter stuk liep. Hierna verhevigde de burgeroorlog zich en bereikte daarna een piek. (Zie voorts, hieronder; [[Conflict in Darfur]])
=== Burgeroorlog in Zuid-Soedan van 1954 tot 2005 ===
De tegenstellingen tussen het noorden en het zuiden zijn groot te noemen. Dit wordt nog eens verergerd door de al sinds [[1954]] woedende [[burgeroorlog]] (met een pauze van 1972 tot 1983), tussen het [[autoritair bewind|autoritair]] islamitische bewind in het noorden en verschillende [[rebellenleger]]s in het zuiden. Volgens [[Amnesty International]]<ref>[http://web.archive.org/web/20060209232638/http://www.amnesty.nl/landeninfo/lan_soed.shtml Amnesty International]</ref> zijn tijdens de burgeroorlog continu, op grote schaal, [[mensenrechten]] geschonden. De strijd om de nieuwe [[olievelden]] in het zuiden heeft dit verergerd. Sinds juli 2002 is er, onder [[internationale druk]], geprobeerd een vredesregeling te treffen.
Op [[9 januari]] [[2005]] hebben de twee belangrijkste strijdende partijen, de SPLA en de regering in Khartoem, een vredesovereenkomst getekend. Dit akkoord staat bekend als het Comprehensive Peace Agreement (CPA).
