Er zijn verscheidene organismen en stoffen die door macrofagen niet effectief kunnen worden bestreden. [[Mycobacteriën]] (veroorzakers van onder andere [[tbc]]), omzeilen het vernietigingssysteem in de macrofaag en nestelen zich zelfs in de macrofaagcellen. Het kan zelfs zo ver gaan, dat sommige infecties zoals bij ''mononucleosis infectiosa'' (veroorzaakt door de EBV-virus) latent aanwezig kunnen zijn, dit wil zeggen dat de producten die de pathogenen in de menselijke cellen produceren niet in groten getale genoeg zijn om het immuunsysteem verder te activeren tegen deze pathogeen.
De macrofagen zijn niet effectief bij de bestrijding van [[Ebolaebola]], dat zich zelfs graag in de macrofagen voortplant. Immuunsysteemcellen zijn ook niet effectief tegen virussen als [[hiv]] (veroorzaker van [[aids]]) of [[Feline infectious peritonitis|FIP]] bij katten, waardoor hiv gemakkelijk meerdere [[somatische cel]]len kan infecteren door te binden aan een vrij veelgebruikte receptor (zoals [[CD4]]). Macrofagen zijn een reservoir voor hiv, aangezien de cellen niet meteen doodgaan na infectie (zoals [[T-cel]]len).
