In 1339 eeuw werd de laatste [[Hindoeïsme|hindoeïstische]] [[Radja (titel)|radja]] opgevolgd door zijn [[vizier (functie)|vizier]], [[Shah Mir]], een moslim uit [[Swat (Pakistan)|Swat]], die de eerste [[sultanaat van Kasjmir|sultan van Kasjmir]] werd. De [[islam]] groeide onder invloed van de sultans uit tot belangrijkste godsdienst in de vallei. Sultan [[Sikandar Butshikan]] (overleden 1413) liet de boeddhistische en hindoeïstische tempels en kloosters met de grond gelijk maken en stelde belastingen in voor niet-moslims. Sommige bronnen stellen dat hij andere religies geheel verbood. Aan het einde van de 15e eeuw was de macht van de sultans echter tanende als gevolg van paleisintriges. Voor korte tijd kwam Kasjmir onder de invloed van de [[Sultanaat van Delhi|sultans van Delhi]]. Beide sultanaten waren echter vanwege hun grote rijkdom een aantrekkelijk doelwit geworden voor de Afghaanse krijgsheer [[Babur]] (1483-1531), de stichter van het [[Mogolrijk]]. Babur viel Hindoestan binnen en veroverde Delhi en [[Agra (India)|Agra]] in 1526. Hij was niet in staat Kasjmir lang te behouden. In 1533 werd de vallei vanuit het noorden veroverd door [[Mirza Muhammad Haidar Dughlat]] (1499-1550), een legeraanvoerder in dienst van de sultan van [[Kashgar]]. Pas rond 1586, onder keizer [[Akbar de Grote|Akbar]], wisten de Mogols de vallei bij hun rijk in te lijven.
De Mogolkeizers kozen Kasjmir uit als verblijfplek op de momenten dat de hitte in de [[Indus-Gangesvlakte|Noord-Indische laagvlakte]] ze ondraaglijk werd. Keizer [[Jehangir]] zou Kasjmir het "paradijs op aarde" genoemd hebben. Jehangir stierf in 1627 onderweg naar de vallei en zou in zijn laatste woorden gesmeekt hebben nog een maal Kasjmir te zien.
