Johannes huwde drie keer. Het eerste huwelijk was in 1414, met Anna van Moskou, dochter van Vasili I van Moskou (1389–1425) en Sophia van Litouwen, in 1414. Ze overleed in augustus 1417 aan de pest.
Het tweede huwelijk, met Sophia van Montferrato in 1421, werd geregeld door zijn vader [[Manuel II Palaiologos]] en [[Paus MartinMartinus V,]]. datZijn met Sophia van Montferrato in 1421 werd voltrokken, zevrouw was een dochter van [[Theodoor II van Monferrato]] en zijn tweede vrouw Johanna van Bar,. dezeDeze was weer een dochter van Robrecht I van Bar en Maria Valois. Haar grootouders waren [[Jan II van Frankrijk]] en [[Bonne van Luxemburg]].
Zijn derde huwelijk, werdmet geregeld[[Maria doorvan deTrebizond]] toenin toekomstige1427, Kardinaalwerd Bessariongeregeld metdoor [[MariaBasilios van TrebizondBessarion]], indie 1427later kardinaal zou worden. Ze was een dochter van Alexios IV van Trebizond en Theodora Kantakouzene. Ze overleed in dewinterde winter van 1439, ook door de heersende pest. Johannes'De drie huwelijken van Johannes bleven kinderloos, zodat zijn broer [[Constantijn XI van Byzantium|Constantijn XI]] hem opvolgde.
