De onafhankelijkheid van de EFSA wordt o.a. geborgd doordat leden een verklaring moeten afgeven dat ze geen belangenverstrengeling hebben. Een voorbeeld van potentïele belangenverstrengeling is de voorzitter van EFSA, Diána Bánáti, die ook in het bestuur van de ILSI (International Life Sciences Institute) zit. Het ILSI heeftis bandeneen met[[ngo]] en wordt gefinancieerd door de grote voedsel- en gentechbedrijven en is door de [[WHO]] geweerd<ref>[http://www.gentech.nl/alle_berichten/europa/jose_bove_bestuursvoorzitter_efsa_werkt_voor_industrielobby José Bové: bestuursvoorzitter EFSA werkt voor industrielobby]</ref>. Deze potentële belangenverstrengeling had gemeld moeten worden. Ook andere EFSA bestuursleden hebben banden met ILSI.<ref>[http://www.nature.com/news/2010/101006/full/467647a.html Safety authority rebuts conflict claim] ''Nature'' 6 October 2010 </ref> Het ILSI verklaart dat het geen [[lobby]]groep is.
