Schaft werd geboren als tweede dochterzoon van Pieter Schaft, leraar op de Rijkskweekschool, en Aafje Talea Vrijer. Haar moeder was [[Doopsgezinden|doopsgezind]] en haar vader voelde zich sterk verwant aan de [[Sociaal-Democratische Arbeiderspartij|SDAP]]. Het gezin woonde vanaf 1923 op de Van Dortstraat 60 in Haarlem-Noord waar Jo op de Tetterodeschool zat. Haar zus Annie overleed in 1927 aan [[difterie]]. Hannie Schaft volgde de [[hogereburgerschool|HBS-B]]. Daarna deed zij [[staatsexamen]] [[Latijn]] en [[Grieks]] om in 1938 te worden toegelaten aan de gemeentelijke [[Universiteit van Amsterdam]] om er [[Internationaal recht|volkenrecht]] te kunnen studeren. Schaft was actief in de [[ASC/AVSV|Amsterdamse Vrouwelijke Studentenvereeniging]] en richtte in 1939 met twee medestudentes het studentendispuut GEMMA op.<ref>{{Citeer web |url=https://archief.amsterdam/inventarissen/details/932 |titel=932 Archief van het Studenten-Dispuut GEMMA van de A.V.S.V. |bezochtdatum=2023-05-30 |werk=archief.amsterdam|archiefurl=https://web.archive.org/web/20230530101553/https://archief.amsterdam/inventarissen/details/932|archiefdatum=2023-05-30}}</ref> Ze woonde vanaf 1940 op kamers in Amsterdam. Ze raakte bevriend met haar [[Joden|Joodse]] medestudentes [[Philine Polak]] en [[Sonja Frenk]]. Hierdoor voelde ze zich toen de Tweede Wereldoorlog begon persoonlijk geraakt door de vervolging van de Joden.
