Guide-RNA
Single guide RNA (sgRNA), ook wel guide-RNA, is een kort RNA-molecuul dat dient als 'gids' om Cas-eiwitten naar een specifieke plek in het dubbelstrengs DNA te sturen.[1] Guide-RNA maakt deel uit van het CRISPR-systeem in bacteriën en archaea, die het guide RNA gebruiken om lichaamsvreemd genetisch materiaal te herkennen en te vernietigen. In samenwerking met Cas9 bindt het guide-RNA zich aan een specifieke sequentie in het genoom, op basis van complementaire basenparing, en zorgt ervoor dat het DNA op die plaats doorgeknipt en gewijzigd wordt.
![](http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/c/cc/Schematic_Structure_of_the_Cas9-sgRNA-DNA_Ternary_Complex.svg/330px-Schematic_Structure_of_the_Cas9-sgRNA-DNA_Ternary_Complex.svg.png)
In een experimentele setting wordt het guide RNA door de onderzoeker ontworpen om de gewenste DNA-sequentie te herkennen. Het deel dat specifiek aan het dubbelstrengs DNA bindt komt overeen met 20 nucleotiden aan het 5'-eind van het guide-RNA. De gewenste sequentie moet altijd (downstream) naast een zogenaamde PAM-sequentie liggen, deze korte sequentie nodig is voor het Cas-eiwit om de knip te maken.
Structuur in CRISPR/Cas
bewerkenEen single guide RNA-construct bevat globaal twee belangrijke regio's: CRISPR RNA (crRNA) en trans-activating crRNA (tracrRNA). Het crRNA-deel is verantwoordelijk voor binding aan het target DNA, en het tracrRNA-deel is verantwoordelijk voor de activatie van de Cas9-endonuclease. Deze twee componenten zijn verbonden door een korte tetraloopstructuur. De vouwing is nodig voor interactie met Cas9. Modificaties in de crRNA-sequentie veranderen de bindingslocatie van het CRISPR/Cas-complex. Dit is de basis van de CRISPR-technologie.[2]
Zie ook
bewerkenBronnen, noten en/of referenties
|