Twintig clubs namen per editie deel aan de Copa Mercosur. De clubs werden verdeeld over vijf groepen van vier. Iedere club speelde een thuis- en uitwedstrijd tegen de drie andere clubs. Na zes wedstrijden gingen de groepswinnaars en de drie beste nummers twee door naar de kwartfinales. Ook de knock-outfase werd met een thuis- en uitwedstrijd gespeeld.
In de eerste drie edities werd de finale beslecht op basis van wedstrijdpunten. Indien beide ploegen één wedstrijd wonnen (of beide duels eindigden in een gelijkspel), dan werd er een beslissingswedstrijd gespeeld (in het stadion waar de tweede finalewedstrijd was gespeeld). Tijdens de laatste editie werd de winnaar bepaald op basis van het totaal aantal doelpunten over beide duels.
Colo-Colo Universidad Católica Universidad de Chile
Nacional Peñarol
Clubs uit Gran Buenos Aires (G.B.A.)
Boca Juniors
Independiente (Avellaneda)
Racing (Avellaneda)
River Plate
San Lorenzo
Vélez Sarsfield
Locatie van alle deelnemers aan de Copa Mercosur.
Aan elke editie deden twintig ploegen mee; Brazilië had zeven deelnemers, Argentinië had er zes, Chili had er drie en Paraguay en Uruguay hadden allebei twee deelnemers. Er was geen kwalificatie voor de Copa Mercosur: de deelnemers werden uitgenodigd door de Zuid-Amerikaanse voetbalbond (CONMEBOL). Een invitatie gold in eerste instantie voor tien jaar, maar een niet-deelnemer die nationaal of internationaal goed presteerde kon worden uitgenodigd ten koste van een minder presterende deelnemer.[1] Uiteindelijk zouden er 23 verschillende clubs deelnemen aan de Copa Mercosur.
De Copa Mercosur en Copa Merconorte zouden vanaf 2002 worden vervangen door de Copa Pan-Americana, waaraan ook ploegen uit Noord-Amerika mee zouden doen. De Copa Pan-Americana 2002 werd echter uitgesteld en vervangen door de Copa Sudamericana 2002. In 2003 werd de Copa Pan-Americana definitief geschrapt. De Copa Sudamericana werd vervolgens een jaarlijks toernooi.