De vlag van San Juan bestaat uit drie horizontale banen in de kleurencombinatie lichtblauw-wit-lichtblauw (gelijk de Argentijnse vlag). De voorkant toont in het midden het provinciale wapen boven het motto van San Juan (En Union y Libertad, "In Eenheid en Vrijheid"). De achterzijde toont een zon met 32 stralen.

Vexillologisch symbool? Vlag van San Juan (ratio 9:14)
Vexillologisch symbool? Achterzijde van de vlag van San Juan

De vlag is in gebruik sinds 1997 en is geïnspireerd door de vlag van het Andesleger tijdens de Argentijnse onafhankelijkheidsstrijd. De basis van de vlag bestaat zoals vermeld uit de kleuren van de Argentijnse vlag, maar de banen zijn niet even hoog (zoals in de nationale vlag): de middelste baan verhoudt zich tot elk van de blauwe banen als 8:5.

Het provinciale wapen is gekroon met de Inkazon, die ook in de nationale vlag staat. Op de voorzijde van de vlag van San Juan heeft de zon negentien stralen, als verwijzing naar de negentien departementen die de provincie vormen. Het aantal van 32 stralen op de achterzijde komt overeen met het aantal stralen op de nationale Argentijnse vlag.