De vlag van Molise bestaat uit een blauw veld met daarop het wapen van Molise, waaronder de naam van de regio staat. Het wapen bestaat uit een zilver omrand rood schild, dat door een zilveren of witte diagonale baan doorsneden wordt. In de linkerbovenhoek staat een zilveren of witte achtpuntige ster. Deze ster is sinds 1608, toen het gebied binnen het Koninkrijk Napels viel, een symbool van Molise. De vlag werd aangenomen op 12 juni 1975.

Vlag van Molise