In 1504 brak naar aanleiding van een conflict over de erfopvolging in het hertogdom Beieren-Landshut de [[Landshuter Successieoorlog]] uit. Een coalitie van vorsten, waaronder rooms-koning Maximiliaan, hertog Ulrich van Württemberg, landgraaf [[Willem II van Hessen]] en [[Alexander van Palts-Zweibrücken|Alexander]] van [[Hertogdom Palts-Zweibrücken|Palts-Zweibrücken]] viel de Palts binnen. Grote delen van de Palts werden geplunderd en verwoest. Hertog Johan stelde zich neutraal op en hield zo het grootste deel van zijn land buiten de oorlog.
Het voorste graafschap Sponheim, dat Johan gezamenlijk met keurvorst Filips van de Palts bestuurde, had wel zwaar te lijden onder het geweld. Vanuit [[Meisenheim]] ondernamen de troepen van hertog Alexander van Palts-Zweibrücken strooptochten in het gebied en Paltische strijdkrachten voerden tegenaanvallen uit vanuit [[Bad Kreuznach (stad)|Kreuznach]] tegenaanvallen uit. Verschillende dorpen en kloosters in de omgeving werden platgebrand en geplunderd. De abt van het [[klooster Sponheim|klooster van Sponheim]], de beroemde geleerde [[Johannes Trithemius]], verliet zijn klooster en vluchtte naar Kreuznach. Hertog Johan maakte van de afwezigheid van de abt gebruik om een opstand van ontevreden monniken tegen Trithemius te ondersteunen. In 1505 overvielen zijn troepen het klooster. Johannes Trithemius gaf zijn positie als abt op en keerde nooit meer terug naar Sponheim.
Op de Rijksdag in Keulen in juli 1505 beslechtte koning Maximiliaan I de strijd over de erfenis erfenis van Landshut. Keurvorst Filips moest een deel van zijn gebieden aan zijn tegenstanders afstaan en de Palts verloor een groot deel van zijn invloed. Op zijn terugreis uit Keulen verbleef koning Maximilian korte tijd op het kasteel van Simmern. Hiermee toonde de koning zijn waardering voor hetde neutrale optredenhouding van hertog Johan tijdens de oorlog.<ref>{{de}} {{aut|Willi Wagner}} (2003): ''Die Wittelsbacher der Linie Pfalz-Simmern: ihre Vorfahren, ihre Familien und ihre Grabdenkmäler'', Böhmer Druckerei, Simmern, blz. 166-167.</ref>
In januari 1509 stierf Johan op 49-jarige leeftijd. Hij werd begraven in Simmern.
