Tijdens zijn bewind breidde Johan zijn residentie in [[Simmern/Hunsrück|Simmern]] uit. Ook legde hij de eerste steen van de Stefanuskerk en de stadshal van Simmern.
===Landshuter successieoorlog===
In 1504 brak naar aanleiding van een conflict over de erfopvolging in het hertogdom Beieren-Landshut de [[Landshuter Successieoorlog]] uit. Een coalitie van vorsten, waaronder rooms-koning Maximiliaan, hertog Ulrich van Württemberg, landgraaf [[Willem II van Hessen]] en [[Alexander van Palts-Zweibrücken|Alexander]] van [[Hertogdom Palts-Zweibrücken|Palts-Zweibrücken]] viel de Palts binnen. Grote delen van de Palts werden geplunderd en verwoest. Hertog Johan stelde zich neutraal op en hield zijn land buiten de oorlog. Alleen het graafschap Sponheim, dat hij gezamenlijk met keurvorst Filips van de Palts bestuurde, had te lijden onder het geweld.
<!---In 1504 brak de [[Landshuter Successieoorlog]] uit, een conflict over de erfenis van hertog [[George van Beieren (1455-1503)|George van Beieren-Landshut]]. George had voor zijn dood geprobeerd zijn dochter Elisabeth en haar man Ruprecht van de Palts als erfgenamen te laten erkennen. Als naaste verwant in mannelijke lijn maakte ook Hertog Albrecht van Beieren-München aanspraak op de uitgestrekte gebieden van Beieren-Landshut. Ruprecht werd bij zijn strijd om de erfenis gesteund door zijn vader, keurvorst [[Filips van de Palts (1448-1508)|Filips van de Palts]]. Rooms-koning Maximiliaan koos echter de kant van hertog Albrecht en verklaarde hem tot rechtmatige heerser van Landshut. De koning deed Ruprecht en Filips in de Rijksban en bracht een coalitie van vorsten tegen de Palts bijeen.
Terwijl Ruprecht in Beieren een groot deel van het hertogdom Landshut bezette werden de landen van Keurvorst Filips langs de Rijn van alle kanten aangevallen.--->
Tijdens de [[Landshuter Successieoorlog]] was hij in staat om de neutraliteit te bewaren, wat in zijn landen in tegenstelling tot die van het [[Paltsgraafschap aan de Rijn|keurvorstendom van de Palts]] van verwoesting vrijwaarde. Als resultaat van deze oorlog kon Johan ook grote delen van het [[graafschap Sponheim]] bemachtigen.
In januari 1509 stierf Johan op 49-jarige leeftijd. Hij werd begraven in Simmern.
