Oorspronkelijk stond hier een kapel gewijd aan [[Nicolaas van Myra|Sint-Nicolaas]] en [[Maria (moeder van Jezus)|Maria]]. Sint-Nicolaas was de schutspatroon van de schippers die vlakbij hun schepen afmeerden. De [[kapel (gebouw)|kapel]] ontvingontstond invanuit de [[1247Martinikerk (Groningen)|Martinikerk]] (de moederkerk) en ontving tussen 1212 en 1227 de status van [[parochie (kerk)|parochiekerk]] en(in 1247 nogmaals bekrachtigd). De kerk kreeg de naam ''Onze Lieve Vrouwe ter Aa''.
Groningen ontstondbestond in tweedie "kluften"tijd ofuit wijken. Een kern was gegroepeerd rond het prefectenhoftwee [[kluft]]en de(wijken, Walburgkerklater enwerden wasdit opvier): heteen bestuurkern enrond de landbouwMaartenskerk gericht.en De andere kern lageen rond de Der Aa-kerk en huisvestte vissers en handelarenhuis. Deze tweede kern zou wellicht oorspronkelijk [[Friezen|Fries]] geweest zijn. Volgens de overlevering heeft er tot in de [[16e eeuw|zestiende eeuw]] een afbeelding gehangen van [[Karel de Grote]] met een onderschrift dat verwees naar de door hem verleende [[Friese Vrijheid]]. De grens tussen beide parochies lag langs de [[Oude Kijk in 't Jatstraat]], de [[Stoeldraaierstraat]] en de [[Haddingestraat]].<ref>Boersma, J.W. & J.F.J. van den Broek et al. [red.] (1990), ''Groningen 1040. Archeologie en oudste geschiedenis van de stad Groningen''. p. 51</ref>
De kapel werd verschillende malen verbouwd, zodat er in de [[15e eeuw|vijftiende eeuw]] (1425-1495) een bakstenen [[Kruiskerk|kruisbasiliek]] stond. De kerk onderging daarna nog verschillende wijzigingen als gevolg van vernielingen door oorlogsgeweld (Reformatie, Bommen Berend) en blikseminslag (1671) en het daaropvolgende herstel.
