Van 1927 tot 1928 woonde hij op de [[Filipijnen]], totdat hij door het Amerikaans gezag na een proces het land werd uitgezet, en hij hervatte zijn zwervend leven in China. Bij de Japanse opmars in 1937 vluchtte hij naar Singapore. Na de val van die stad en van Nederlands-Indië in 1942 keerde hij onder een schuilnaam terug naar Java, waar hij aanvankelijk werkte aan een boek over "Materialisme, dialektiek en Logica". Later werd hij opzichter in een bruinkoolmijn waar [[Romusha|Romusha's]], inlandse dwangarbeiders waren tewerkgesteld.
Na de bevrijding richtte Tan Malaka een tegen premier [[soetanSoetan Sjahrir]] gerichte coalitie op, de ''Persatuan Perdjuangan'' (Verenigde Strijd). Deze was tegen elk compromis met Nederland en voerde de leuze "100% merdeka". Toen dehet regering[[kabinet-Sjahrir SharirI]] in februari 1946 viel, kreeg Tan Malaka van president SukarnoSoekarno opdracht een nieuw kabinet te formeren. Het lukte hem echter niet een brede coalitie te bereiken, waarna Sharir opnieuw premier werd ([[kabinet-Sjahrir II]]). In het voorjaar van 1946 raakte Tan Malaka betrokken bij plannen voor een staatsgreep. Op 6 juli werd hij gearresteerd. Tot september 1948 zat hij gevangen in het deel van Java dat in handen was van de Republik Indonesia. In die jaren woedde de Madiun-opstand, waarin de diverse communistische groeperingen het onderspit dolven tegen het Republikeins gezag. Eenmaal vrijgekomen wilde hij de leiding van de Republik op zich nemen terwijl SukarnoSoekarno en Hatta waren geïnterneerd door de Nederlanders. In november richtte hij de Partai Murba (Proletarische Partij) op, een trotskistische tegenhanger van de PKI. Op 21 februari 1949 werd hij door aanhangers van SukarnoSoekarno geliquideerd. De restanten van zijn beweging staakten de strijd toen in december 1949 Nederland officieel de soevereiniteit overdroeg.
