Kort na de bezetting in 1940 bezocht een delegatie met ''Generalfeldmarschall'' Hermann Göring het Zuiderziekenhuis en kwam tot vermaak van het personeel vast te zitten in de lift.<ref>Mensen vertellen over monumenten, httphttps://www.boei.nl/mensen-vertellen/het-zuider-de-tweede-wereldoorlog{{Dode link|datum=oktober 2018 |bot=InternetArchiveBot }}</ref> Later tijdens de [[Tweede Wereldoorlog]] werd het ziekenhuis in [[1941]] door bommen beschadigd, die een groot gat sloegen in het zuidwestelijke paviljoen. Er wordt soms aangenomen dat dit bombardement plaatsvond, omdat het ziekenhuis voor een deel in gebruik was bij de Duitse bezetter<ref name="ReferenceA">'Het Zuiderziekenhuis, de groote inrichting aan den Groene Hilledijk' Jos van Rosmalen (ed) 1999</ref>, maar dit wordt nergens bevestigd. In hetzelfde jaar werd de schade grotendeels weer hersteld. Het ziekenhuis had zeker aan het einde van de oorlog grote last van schaarste. In het ketelhuis werden uit gebrek aan kolen op een gegeven moment zelfs de ebonieten (kunststof) bakken van transformatoren gebruikt om de kachels te stoken. Een dramatisch en weinig bekend verhaal is dat Adjuct-Directrice Zuster Van Dijk zich tijdens de kerst van 1943 over de intercom zeer kritisch uitliet over de Duitse bezetter. Kort daarna werd zij gearresteerd en zou nooit meer terug keren in het Ziekenhuis.<ref name="ReferenceA"/>
