Rost van Tonningen werd geboren in het voormaligetoenmalige [[Nederlands-Indië]] (thans [[Indonesië]]). Hij was de jongste zoon van KNIL-generaal [[Marinus Bernardus Rost van Tonningen]], die zich in de strijd op onder andere [[Lombok (eiland)|Lombok]], [[Atjeh]] en [[Bali (eiland)|Bali]] had onderscheiden. Zijn moeder was jonkvrouw Menauda Sara Johanna van den Bosch.<ref name="inghist.nl">[http://www.inghist.nl/Onderzoek/Projecten/BWN/lemmata/bwn1/rost Instituut voor Nederlandse Geschiedenis. Rost van Tonningen, Meinoud Marinus.]</ref> Na de [[hogereburgerschool]] in Den Haag te hebben doorlopen ging hij na een aanvankelijke start van een ingenieursopleiding te Delft rechten studeren in [[Leiden]] waar hij later promoveerde. Hij was een fanatiek sportman en naast schermen roeide hij bij [[D.S.R.V. Laga]] en later bij [[KSRV Njord]]. Voor Laga won hij de [[Varsity (roeiwedstrijd)|Varsity]]. Zijn oudste broer viceadmiraal [[Nico Rost van Tonningen|Nicolaas Albertus Rost van Tonningen]] was onder andere grootmeester van koningin Juliana en zijn middelste broer Wim Rost van Tonningen was hoofdingenieur bij de Bataafsche Petroleum Maatschappij [[Bataafsche Petroleum Maatschappij|BPM]].
