Op diverse plaatsen heeft het kanaal een ander verloop gekregen. Op het Belgische gedeelte werden, tijdens de modernisering van 1930-5, vier hinderlijke bochten afgesneden dankzij de doorsteken bij [[Lanklaar]], [[Neeroeteren]], [[Voorshoven]] en [[Bocholt (België)|Kreyel]]. De oude kanaalarmen bleven in de staat van ±1850. In Maastricht werd veel scheepvaart buiten de stad gehouden dankzij het [[Afvoerkanaal (Maastricht)|Afvoerkanaal]] (jaren 1930), een nieuwe verbinding naar de Maas en het [[Julianakanaal]].
UitVan modernezes tijdendecennia later stamt de omleiding van [[Helmond]]. Het oude kanaal sneed deze stad in tweeën en de veel gebruikte [[hefbrug]]gen veroorzaakten lange wachttijden. Daarom werd in 1975 tot een verlegging besloten. Het ''fiat'' volgde in 1982. Wegens beperkte financiële middelen moest [[Rijkswaterstaat]] het project in 25 stukken opdelen.<ref>[http://www.cobouw.nl/artikel/119196-nieuw-kanaal-verlost-helmond-van-plaag Cobouw, 11 februari 1994: ''Nieuw kanaal verlost Helmond van plaag''.]</ref> De conjunctuur speelde echter in het voordeel: in 1985 brak een [[laagconjunctuur]] aan die de prijzen deed dalen en de concurrentie deed toenemen. Desondanks vergden de werkzaamheden meer dan de voorziene vijf jaar, doordat de [[Oosterscheldekering]] meer geld opslokte dan verwacht. Eind 1993 was de omleiding eindelijk voltooid.
Bij de aanleg van de omleiding moest men ook de [[Nieuwe Aa]] aanpakken, de loop die de [[Aa (Noord-Brabant)|Aa]] had gekregen toen haar bedding doorheen Helmond werd ingenomen door de oude Zuid-Willemsvaart. Nu lag ook deze Nieuwe Aa in de weg van het kanaal, nl.namelijk tussen [[Rijpelberg (wijk)|Rijpel]] en [[Scheepstal]]. De Nieuwe Aa moest dus een nieuwe loop op de westoever van de omleiding krijgen. Uit kostenoverwegingen werd zo'neem nieuwe loop echter geschrapt. Zo komt het dat de Nieuwe Aa nu uitmondt in de omleiding (in [[Brouwhuis]]), 6 km lang samenvalt met de omleiding en weer aftakt (tussen [[Aarle-Rixtel]] en [[Beek (Laarbeek)|Beek]]).
Bij 's-Hertogenbosch loopt de vaart tevens door de stad wat voordaar veelvanwege het vele kruisende wegverkeer hinder zorgt. Hier is in 2014 ook een omlegging aangelegd.
