De versienummers van de ERTMS-specificaties staan los van de ERTMS-toepassingsniveaus, in het Engels ''ERTMS application levels''. Al vanaf de eerste versie biedt de ERTMS-specificatie meerdere toepassingsniveaus L0, L1, L2, L3 en L-STM/L-NTC. Vanaf baseline 3 van de ERTMS-specificatie is bijvoorbeeld de ERTMS mode limited supervision (LS) formeel in de ERTMS-specificatie opgenomen, voornamelijk gebruikt bij toepassingsniveau 1 (L1LS). Over toepassingsniveaus of application levels staat hieronder meer informatie, onder het kopje [[#Ontwerpkeuzes, toepassingsniveaus en varianten|Ontwerpkeuzes, toepassingsniveaus en varianten]]. Treinen met ERTMS-apparatuur van een bepaald toepassingsniveau (tot voor kort nog als uitzondering toegestaan/toegelaten) kunnen rijden over spoor dat is uitgerust met apparatuur van een even hoog of lager ERTMS-toepassingsniveau. Voor toekomstige, nieuw in te bouwen boordapparatuur is het uitgangspunt dat alle ERTMS-toepassingsniveaus, volgens de geldende ERTMS-specificaties, beschikbaar zijn.
