De ILT-IOD kent een duale aansturing: het ministerieMinisterie van infrastructuurInfrastructuur en waterstaatWaterstaat voor de prioriteiten op de inhoudelijke beleidsterreinen en in de gezag relatie het [[openbaar ministerie]] voor de specifieke opsporing en de prioriteiten daarbinnen. De onderzoeken zijn gericht op personen en bedrijven die de regelgeving op het gebied van milieu en woningcorporaties stelselmatig en op een ernstige manier overtreden. De ILT-IOD onderzoekt ook hoeveel geld verdachten hebben verdiend met criminele activiteiten. Die criminele winst kan dan later eventueel weer afgepakt worden. Daarnaast wordt extra aandacht gegeven aan de aanpak van zogeheten facilitators die hun diensten verlenen aan criminelen. Eveneens wordt extra aandacht gegeven aan de aanpak van integriteitschendingen binnen het aandachtsgebied van de ILT-IOD, waaronder corruptie, fraude, diefstal, dubieuze giften, en aan het bevorderen van de veiligheidscultuur; de houding, waarden, (impliciete) aannames, percepties en gewoonten met betrekking tot het omgaan met veiligheidsrisico’s op het gebied van milieu.
De ILT-IOD legt de prioriteit in strafrechtelijke onderzoeken op een aantal hoofdonderwerpen:
