In 1655, 1662 en 1706 vonden nog wel heiligdomsvaarten plaats, maar sober, zonder de openbare reliekentoning op het Vrijthof. De [[Noodkist]] stond in deze periode permanent op het [[priesterkoor]] van de Sint-Servaaskerk opgesteld, maar verhuisde in tijden van gevaar naar de [[Crypten van de Sint-Servaasbasiliek#Vieringscrypte|vieringscrypte]]. Voorwerpen die herinnerden aan de bloeitijd van de bedevaarten, verdwenen geleidelijk uit de kerk. Zo werd de [[cenotaaf van Monulfus en Gondulfus]] omstreeks 1625 begraven op de plek, waar deze in 1890 werd ontdekt. Het gebeeldhouwde [[Doksaal van de Sint-Servaasbasiliek|doksaal en het Sint-Servaasaltaar]] werden in 1732 afgebroken. Over de toning in de Onze-Lieve-Vrouwekerk zijn uit deze periode geen gegevens bekend.
In de [[Franse Tijdtijd in Nederland|Franse tjd]] (1794-1814) werden de Maastrichtse stadskapittels en kloosters opgeheven en sommige parochiekerken gesloten (1796-1797). Na het [[Concordaat van 15 juli 1801|concordaat van Napoleon met de paus]] gingen de laatste in 1804 weer open, maar de kapittelkerken niet. Zij deden enige tijd dienst als opslagplaats, paardenstal en militair magazijn, de Onze-Lieve-Vrouwekerk zelfs tot 1837. De [[kerkschat]]ten hadden in deze tijd zeer te lijden. Ofschoon kanunniken en kloosterlingen heimelijk onderdelen van hun kunstbezit aan inbeslagname door het Franse bewind wisten te onttrekken, moesten vanwege belastingheffingen tal van gouden en zilveren voorwerpen, waaronder reliekhouders, worden omgesmolten of verkocht. Na de Franse Tijd bleek de binding met de vroegere kerkelijke instellingen en bezittingen sterk teruggelopen. Sommigen zagen de hun toevertrouwde voorwerpen inmiddels als eigen bezit, dat aan de hoogstbiedende kon worden verkocht. De Onze-Lieve-Vrouwekerk raakte in deze tijd het Byzantijns patriarchaalkruis en het gouden kruisje van Constantijn kwijt, die in 1837 door een oud-kanunnik werden geschonken aan het Vaticaan.<ref>De Kreek (1990), pp. 134-135.</ref> De Sint-Servaaskerk raakte in deze periode eveneens belangrijke kunstschatten kwijt: de [[Einhardsboog]] (mogelijk al eerder verdwenen), het schilderij ''[[Vera Icon (Van Eyck)|Vera Icon]]'' van [[Jan van Eyck]] (1827) en de vier vergulde [[Noodkist#Brusselse pendanten|pendanten van de Noodkist]] (1846).<ref>Koldeweij (1990b), pp. 147-149.</ref>
