Het verhaal begint wanneer Ness wakker wordt van een meteoor die vlak bij zijn huis is neergestort. Ness gaat op onderzoek uit met zijn buurjongen Pokey. Wanneer ze bij de meteoor aankomen ontmoeten zij een bij, genaamd Buzz Buzz, die van twintigtien jaar uit de toekomst komt. Buzz Buzz vertelt dat in de toekomst "universal cosmic destroyer" Giygas de planeet regeert. Buzz Buzz vertelt Ness dat hij op avontuur moet gaan om de "Eight Melodies" te zoeken en zo zijn ware kracht te ontdekken zodat hij Giygas kan verslaan. Tijdens zijn avontuur komt Ness andere kinderen tegen met speciale krachten net zoals hij; PSI of PK genaamd. Tijdens zijn avontuur komt Ness langs allerlei steden en plaatsen om de Eight Melodies te vinden, maar hij komt ook veel vijanden tegen van het leger van Giygas, zoals: Octobots, Mooks, Reactor Robots en de gevaarlijke huurmoordenaar Starman. Ook zullen vriendelijke dieren en mensen hem dwarszitten omdat Giygas hen in zijn macht heeft. Wanneer Ness alle delen van de Eight Melodies heeft gevonden, komt hij aan in een nieuw land, genaamd Magicant, wat bestaat uit de gedachten van Ness. Hij moet zijn innerlijke kwaadaardigheid verslaan om de kracht van de 'Eight Melodies' te ontvangen. Nadat hij de kracht heeft ontvangen, krijgt hij een boodschap dat hij naar Saturn Valley moet. Hier vindt hij een Phase Distorter, die hem naar de locatie van Giygas brengt. Ness ontdekt snel dat Giygas honderden jaren in het verleden de planeet probeert te verwoesten. Daarom moet hij met de Phase Distorter III door de tijd reizen, maar omdat deze machine alle organische wezens vernietigt, worden de zielen van Ness en zijn vrienden getransplanteerd in robots. Uiteindelijk verslaat Ness Giygas en keert de rust terug op de planeet.
