Als vicaris leidde Vanhoutte het project 'Parochieopbouw 2008-2012'. Hij was voorzitter van de Diocesane liturgische commissie en lid van de Interdiocesane commissie voor liturgische zielzorg. Hij was verantwoordelijke voor 'De Bremstruik' in [[Roeselare]] en voorzitter van het Werk voor priesterroepingen, van de Theologische academie - CCV en van het Platform permanente vorming.
Koen Vanhoutte is nooit onomstreden geweest. Omwille van het feit dat hij weinig emoties kent en alles wat hij doet heel berekentberekend is, heeft hij in het Brugse bisdom de bijnaam 'de sfynx' gekregen. Hij staat bekend als intelligent maar ook als autoritair. Onder bisschop Jozef Dekesel, die erom bekend stond dat hij weinig armkracht bezat, was de macht van Koen Vanhoutte zo groot dat hij de bijnaam 'schaduwbisschop' kreeg. Ook werd het hem niet in dank afgenomen dat hij homoseksuele en pedofiele priesters verdedigde (zoals Tom F., Jeroen C. en de Vincent O. (- een seminarist die een zoekertje had op een homowebsite). <ref>zie artikel in Het Laatste Nieuws, 15 november 2014: https://www.hln.be/regio/brugge/-schaduwbisschop-heeft-het-voor-het-zeggen~aeecf3dc/</ref> <ref>zie artikel Nieuwsblad 12 maart 2013: https://www.nieuwsblad.be/cnt/dmf20130311_00500558</ref>
