Er ontstond enige controverse overrondom de vraag of Justus Lipsius nageslacht zou hebben gehad. Enkele historici melden dat Justus Lipsius zonder nageslacht iszou zijn gestorven, en dat de mensen die heden ten dage dezelfde achternaam dragen afstammelingen zijn van zijn zuster genaamd Maria Lips (getr. Back). Genealogisch onderzoek wijst echter uit dat Maria Lips trouwde met Johannes Cornelis Back. Zij kregen twee kinderen genaamd Guillaume Back en Anne Floris Back. De kinderen die hieruit voortkwamen waren Guillaume en Jossine Wayenberghe. Het is dus onmogelijk dat de Lipsius familienaam op deze wijze werd doorgegeven. De eerstvolgende persoon die in de generatie na Justus Lipsius de familienaam met zich meedroeg, betrof Jan Joostzoon Lipsius. Het feit dat deze persoon zijn tweede naam Joostzoon was, wilt zeggenbetekent dat hij de zoon wasmoet zijn geweest van iemand die Joost zou moeten heten. Dat wilt zeggen dat alsmet de Lipsius naam is doorgegeven via Maria Lips, het kind een vader heeft moeten hebben die Joost genaamd was. De echtgenoot van Maria Lips heette echter zoals eerder aangegeven Johannes Cornelis Back. De enige persoon die Joost heette en een zoon zou kunnen hebben gehad die bijvan zijn tweede naam Joostzoon heette, was niemand minder dan Justus (Joost) Lipsius (Lips) zelf. De bewering dat Justus geen nageslacht zou hebben gehad is dus weerlegd door middel van grondig genealogisch onderzoek. Daarbij komend is het erg ongewoon dat iemand in 16e eeuw ten eerste geen nageslacht had, en ten tweede dat een gehuwde vrouw de familienaam van het nageslacht bepaalde. Zijn nakomelingen zijn vandaag de dag te vinden in Nederland, België en de United States.
