In het seizoen 20001999/0100 kwam de club voor het eerst uit in de [[Championnat de France amateur 2|CFA2]]. In de [[Coupe de France 1999/00]] bereikte ESH de zestiende finale na een 3−0 overwinning op AFC Compiègne (destijds uitkomend in de Division d'Honneur). Hierin bleek [[Stade Rennais]] te sterk. Dit was het beste resultaat tot op heden in de Franse beker. In 2002 veranderde de naam van de club voor de derde maal, ditmaal in ''Les Herbiers Vendée Football'' (HVF). In het seizoen 2005/06 slaagde de club erin om te promoveren naar de [[Championnat de France amateur|CFA]]. Het eindigde het seizoen met 93 punten, 7 punten meer dan de reserves van [[LB Châteauroux]], die op de tweede plaats eindigden. De club besloot met ingang van het volgende seizoen haar naam te veranderen naar ''Vendée Les Herbiers Football'' (VHF). VHF wist echter maar acht duels te winnen en degradeerde na een seizoen al weer terug naar de CFA2.
In het seizoen 2009/10 werd de club tweede in ''Groupe G'' achter de reserves van [[Tours FC]], die er met het kampioenschap vandoor gingen. Laatstgenoemde voldeed echter niet aan de eisen voor promotie, waardoor dit recht naar Les Herbiers ging. In het eerste seizoen op het hoogste amateurniveau werd een achtste plaats behaald. In 2013 nam Les Herbiers afscheid van trainer Thomas Fernandez, die aan de slag ging bij de jeugd van [[Olympique Marseille]]. Zijn opvolger was Franck Rizzetto, die eerder [[Paris Saint-Germain]] B onder zijn hoede had.
