Vanwege de uitbreiding van twee naar vier sporen moest station Utrecht Lunetten opnieuw op de schop. Het station, dat bestond uit twee perrons ter weerszijden van de beide sporen, werd omgevormd tot een [[eilandperron]], gelegen tussen de middelste twee van de geplande vier sporen. Voor de spooruitbreiding werd gebruik gemaakt van het al aanwezige viaduct van de Nieuwe Houtenseweg. Voor deze weg werd een nieuwe brug over de [[A27]] gebouwd. Omdat het eilandperron niet te dicht bij de twee viaducten over de A27 kon liggen, kwam het nieuwe station 250 meter noordelijker te liggen. Daar kwam een nieuwe ruime onderdoorgang voor fietsers en voetgangers, tevens is dit de toegang tot het eilandperron. De krappe tunnel onder het oude station kon hierdoor vervallen. Het nieuwe station was op 30 mei 2016 gereed, het noodperron aan de westzijde van het spoor verviel toen.<ref>http://www.lunetten.nl/pub/rss/index2.php?id=2663</ref><ref name="ProRail">[https://www.prorail.nl/projecten/utrecht-lunetten-houten ProRail Utrecht – Lunetten – Houten]</ref>
Het nieuwe station ligt zo'n 250 meter noordelijker dan het oude. Ook is er een nieuwe fietstunnel gebouwd zo'n 100 meter ten noorden van de oude tunnel die inmiddels gesloten is.<ref>http://www.lunetten.nl/pub/rss/index2.php?id=2663</ref><ref name="ProRail">[https://www.prorail.nl/projecten/utrecht-lunetten-houten ProRail Utrecht – Lunetten – Houten]</ref>
