Backer maakte deel uit van de Commissie van Toezicht die zich bezighield met de herbouw van de [[Nieuwe Kerk (Amsterdam)|Nieuwe kerk]], die op 11 januari 1645 door brand wawas verwoest. De bouw startte in mei 1646, toen [[Cornelis de Graeff (1599-1664)|Cornelis de Graeff]] burgemeester was. Na allerlei voorbereidingen werd op 27 augustus de eerste paal geslagen. Heien gebeurde in die tijd met de hand. Een blok hout van 600 kg werd daartoe aan kabels opgehesen. Een half jaar later werd besloten een ijzeren hei te gebruiken die 100 kg zwaarder was. Op 20 juni 1647 werd de eerste steen gelegd door Backers 14-jarige zoon Cornelis. Op 14 mei 1648 werd de kerk in gebruik genomen, kort na de [[Vrede van Munster]], maar de kerktoren is nooit voltooid.
