ZijEnzymen worden ook geclassificeerd met een nummeringnummer: het [[EC-nummer]], '''''E'''nzyme '''C'''ommission number''. HetDit [[EC-nummer is een classificatiesysteem voor enzymen en]] moet niet verward worden met het [[EG-nummer]], waarmee een chemische stof wordt aangeduid. DitHet EG-nummer is gebaseerd op de chemische reacties die het enzym [[Katalysator|katalyseert]]. Zo kan het voorkomen dat niet aan elkaar verwante enzymen, maar die wel dezelfde reactie katalyseren, hetzelfde nummer krijgen. Het EC-nummer bestaat uit 4 cijfers en begint met een cijfer dat één van de zes bovenstaande hoofdgroepen of klassen aanduidt. De twee hierop volgende getallen bepalen de subgroep en de sub-subgroep. Het laatste getal tenslotte bepaalt specifiek het enzym in de sub-subgroep waarover het gaat. Een voorbeeld is [[katalase]], aangeduid met "EC 1.11.1.6", dit wil zeggen dat het tot klasse 1 de oxidoreductasen behoort, in de subgroep 11 met een peroxide als acceptor, in de sub-subgroep 1, er is maar één subgroep in 1.11, en het gaat hier om het 6<sup>de</sup> enzym (katalase).
