De VOC stelde Thunberg anaan als chirurg op de Japanse vestiging. Daar begeleidde hij een compagnieschip naar de [[Japan|Japanse]] havenstad [[Nagasaki]] in augustus 1775. Nu had hij een stabiel inkomen maar als allochtoon was hij ruimtelijk beperkt omdat Nederlanders voornamelijk op het kleine, kunstmatige eiland [[Deshima]] voor de baai van Nagasaki blijven moesten. Nochtans ruilde Thunberg zijn kennis in geneeskunde voor nieuwe specimens met weetgierige tolken. Bovendien mocht hij als arts de compagnie Opperhoofd begeleiden op de verplichte lange reis naar het hof van [[Edo (Japan)|Edo]]. De arts gebruikte deze kans om planten te verzamelen en de omgeving te observeren. Daarenboven ontmoette hij Japanse geleerdegeleerden van de zogeheten Nederlandse wetenschappen ([[Rangaku|rangaku]]) die benieuwd waren naar EuropeesEuropese kennis. Ook na terugkeer in Zweden hieldehield hij contact met hen.<ref>Peter Rietbergen: "Becoming famous in the eighteenth century Carl-Peter Thunberg (1743-1828) between Sweden, the Netherlands and Japan" p.52-60</ref>
[[File:Vorgebirge der guten Hoffnung.tif|thumb|left|Illustratie van de [[Kaap de Goede Hoop]] in de Duitse vertaling van het reisverhaal ]]
==Terugkeer naar Europa==
Thunberg verliet Japan in november 1776. Op terugreis bezochte hij Java nog een keer. Daarna reisde hij naar het huidige [[Sri Lanka]], toen [[Ceylon (VOC-gebied)|Ceylon]], waar hij zes maanden verbleef. Tijdens deze visite maakte hij enige uitstappen en kon zo vele planten verzamelen. Hij landde ook opnieuw in Zuid-Afrika, maar trok al na twee weken verder naar Amsterdam.
