Een farmaceutische toepassing was het gebruik van cacaoboter als basis voor zetpillen. Dit wordt nu niet meer gedaan wegens verschillende nadelen:
-*Cacaoboter heeft een lage stabiliteit doordat het een andere [[kristalvorm]] zal vormen bij het stollen en bewaren. De andere kristalvormen hebben dan andere fysicochemische[[Fysische chemie|fysisch-chemische]] eigenschappen. In dit geval zal het een andere [[smeltpunt]] krijgen en een andere [[oplosbaarheid]] en [[oplossnelheid]]. Dit zijn factoren die de biologische beschikbaarheid beinvloedenbeïnvloeden. Bij het stollen en bewaren krijgenontstaan weer niet reproduceerbare eigenschappen.
-*Cacaoboter bevat veel [[onverzadigde vetzuren]] (het heeft een hoog [[joodgetal]]). Hierdoor zal tijdens bewaren door oxidatie van cacaoboter (ranzig worden van boter) een verhoogde kans zijn dat uw geneesmiddel dat verwerkt zit in uw basis, ook zal oxideren. Hierdoor kunnen oxideerbare geneesmiddelen niet kunnen verwerkt worden in zetpillen met cacaoboter als basis.
-*Een ander nadeel is dat er [[peroxiden]] kunnen gevormd worden (het heeft een hoog [[peroxidegetal]]). Hierbij is er ook een verhoogde kans op degradatie van oxideerbare geneesmiddelen.
