Naar verluidt lagen er al sinds 19621961 kernwapens op de basis. Voor de opslag van deze tuigen werd een zeer stevig bewaakt speciaal munitie complex geconstrueerd. Vreemd genoeg lag dit niet op de basis maar iets ten noorden daarvan (51°11'24"N 5°28'44"E). Van 1962-1975 lagen verdeeld over 3 bunkers 60 tuigen van het type B43 - het toenmalige standaardtuig voor de ''F-84 Thunderstreak'' en later voor de ''F-104 Starfighter'' - opgelegd. Het complex werd van de binnenzijde bewaakt door USAF personeel en van de buitenzijde door VVE –UDA militairen. (Vliegveld Verdedigings Eenheden – Unités de Défense des Aérodromes). Vanaf 1975 werden de B43’s vervangen door B61’s. Vanwege veiligheids aspecten en personele bezuinigingen werden in de jaren 1990 11 vliegtuigbunkers voorzien van speciaal electronisch beveiligde kluizen in de vloer met een maximum opslagcapaciteit voor 44 B61’s. Sedert 1989 zijn hiervan vermoedelijk nog 11 [[kernkop]]pen van het type [[B61-kernwapen|B61]]<ref>{{en}} {{cite web|url=http://www.basicint.org/nuclear/NATO/BASIC-BITSnote-NATOarsenals-1997.htm|title=U.S. Nuclear NATO Arsenals 1996-97|publisher=British American Security Information Council|date=februari 1997}}</ref> (mod 4 of mod 7) over; daarom demonstreren [[vredesbeweging|vredesactivisten]] van [[Vredesactie|Bomspotting/Vredesactie]] er vrij geregeld. Zoals andere politici in het verleden hem al voordeden, werd dit publiek geheim nog eens bevestigd door een uitspraak van de toen pas aangestelde Minister van Landsverdediging [[Pieter De Crem]] op [[23 januari]] [[2008]].<ref>[http://www.hln.be/hln/nl/957/Belgi/article/detail/144583/2008/01/23/De-Crem-Kernwapens-op-Kleine-Brogel.dhtml De Crem: "Kernwapens op basis Kleine Brogel"], [[Het Laatste Nieuws]], 23 januari 2008.</ref> Bovendien lekten op 29 november 2010 Amerikaanse telegrammen op de klokkenluiderswebsite Wikileaks uit, die bevestigden dat vermoeden definitief.<ref>http://www.wikileaks.ch/cable/2009/11/09BRUSSELS1580.html</ref> De Amerikaanse ambassade sprak letterlijk over "nucleaire wapens in België, Nederland en Duitsland".
Op de basis wordt elk jaar een [[Vliegtuigspotter|spottersdag]] georganiseerd waarbij vliegtuigfanaten toestellen uit binnen- en buitenland kunnen gadeslaan.
