Alexejev werd [[schout-bij-nacht]] in 1892 en diende bij de generale staf van de [[Russische Keizerlijke Marine]]. Hij werd vice-admiraalviceadmiraal in 1894 en vervangend [[stafchef]] in 1895. Van 1895 tot 1897 was hij bevelhebber van de [[Pacifische Vloot (Rusland)|Pacifische Vloot]] die eerst te [[Vladivostok]] lag en vanaf december 1897 te [[Port Arthur]] op het zuidelijke schiereiland [[Liaodong]] dat Rusland [[leasingLease (overeenkomst)|leasde]] van de [[Qing-dynastie]] in [[China]]. In 1898 werd hij gouverneur van Liaodong. Vanaf 1899 was hij opnieuw bevelhebber van de Pacifische Vloot. Hij sloeg mee de [[BoxeropstandBokseropstand]] neer.
Op 13 augustus 1903 benoemde tsaar Nikolaas II Alexejev tot [[onderkoning]] over de Russische gebieden in het verre oosten.
