Zijn vader, Ernst Stowasser, overleed drie maanden na zijn eerste verjaardag. De Tweede Wereldoorlog was een moeilijke tijd voor Hundertwasser en zijn moeder Elsa, omdat ze joods waren. Ze vermeden vervolging door zich als christenen voor te doen, een geloofwaardige list omdat Hundertwassers vader een katholiek was. Om onopvallendonopgemerkt te kunnen blijven, werd hij lid van de [[Hitlerjugend]]. Hundertwasser genoot als kind onderwijs aan een [[Montessorionderwijs|montessorischool]], waar zijn opvallend gebruik van kleuren al door leraren werd opgemerkt. In 1943 werden 69 [[Joden|Joodse]] familieleden aan moederszijde door de [[nazi]]'s afgevoerd en omgebracht. In 1948 studeerde hij drie maanden aan de Weense kunstacademie. Hij was tevens een [[autodidact]]. Toen hij in [[1949]] ontdekte dat "sto" of "sta" in de Slavische talen "honderd" betekent, bedacht hij zijn [[pseudoniem]]. In de periode 1949 tot 1951 maakte Hundertwasser uitgebreide studiereizen naar Parijs, Marrakech, Tanger, Tunesië, Italië en Spanje. In 1953 stelde hij zijn kunsttheorie van het [[transautomatisme]] op. Al in [[1950-1959|de jaren '50]] verzette Hundertwasser zich tegen het [[rationalisme]] in de architectuur, die naar zijn idee te weinig oog heeft voor de mens. In Florence ontmoet hij de jonge Franse schilder Rene Brô voor de eerste keer, ze werden vrienden voor het leven. Hundertwasser trouwde in 1958 met Herta Leitner, maar ze scheidden twee jaar later.
Hij hertrouwde in 1962 met de Japanse kunstenares Yuko Ikewada, maar ze scheidde van hem in 1966. Op dat moment was hij erg populair bijin zijnhet kunstkunstwereldje. Hij verdiepte zich ook in de architectuur vanaf de vroege jaren 1950. Hundertwasser werkte ook op het gebied van toegepaste kunst, het maken van vlaggen, postzegels, munten en posters. Zijn meest bekende vlag is de Koru Vlag (alternatieve vlag voor [[Nieuw-Zeeland]]). Naast de postzegels voor de Oostenrijkse Post, ontwierp hij ook zegels voor de [[Kaapverdië|Kaapverdische Eilanden]] alsook voor de [[Verenigde_Naties|Verenigde Naties]] ter gelegenheid van de 35ste verjaardag van de [[Universele verklaring van de rechten van de mens]].
In 1962 brak Hundertwasser door met zijn bijdrage aan de [[Biënnale van Venetië]]. In 1967 en 1968 baarde hij opzien door naakt een betoog over zijn ideeën af te steken. In de [[1980-1989|jaren '80]] bepleitte hij de ecologische architectuur en werden voor het eerst gebouwen naar zijn ideeën gerealiseerd. Hij overleed op 71-jarige leeftijd aan boord van de ''[[Queen Elizabeth 2]]'' in de [[Grote Oceaan|Stille Oceaan]] ter hoogte van [[Nieuw-Zeeland]] aan een [[hartaanval]].
In 1980 werdkreeg hij een onderscheiding met de [[Grote Oostenrijkse Staatsprijs]] onderscheiden.
